- JAVA:cytoscape的安装使用建立在JAVA的基础上,先安装JAVA8:https://www.java.com/zh_CN/。
- 下载cytoscape,http://cytoscape.org/,建议翻墙下载,若无法下载戳百度云链接(链接:https://pan.baidu.com/s/1IFciaWf8hZVizSYkz1tduQ
提取码:wypa)。安装cytoscape时可顺便下载JAVA。 - 现在使用cytoscape绘制两水平的数据之间的相关性。举例菌群OTU水平与环境因子水平的网络关系图。
- 结果如图
- 表格设置:OTU表格(列为OTU名称或编号,横为样品名,表示样品对应的OTU的含量)。
- 环境因子表格(同OTU表格,横为样品名称,列为样品所在环境因子的含量)。
- 打开Cytoscape,进入app-app manage-插入插件(CoNet和CytoCluster)。
10.
cytoscape安装及使用-1
最新推荐文章于 2024-08-26 17:39:08 发布
本文介绍了如何在JAVA环境下安装Cytoscape,并通过Cytoscape的CoNet插件来绘制两水平数据(如菌群OTU与环境因子)的相关性网络图。首先安装JAVA,然后下载并安装Cytoscape。接着,导入OTU和环境因子表格,设置文件类型和特征,应用预处理和过滤。通过Methods菜单选择相关性计算方法,设定边的数量和显著性P值阈值,最终生成包含158个点和974个边的网络图。
摘要由CSDN通过智能技术生成