Pymol使用技巧

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前言

本文主要记录一些pymol使用中的技巧，文章内容不定时更新

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显示结构可信度

在Uniprot下载的AlphaFold预测结构或自己从Colab得到的预测结构中，一般都会显示结构的可信度，如下图中的p53蛋白在Uniprot中的预测结构：

但直接下载PDB文件并在pymol中打开是不会显示pLDDT分数的，只需使用下面这一命令即可显示：

spectrum b, red_yellow_green_cyan_blue, minimum=50, maximum=90

箭头所指向之处即为输入命令的窗口。
通过调整上述命令中的颜色单词还可以实现不同分数对应不同颜色。

输出高清图片

输入如下命令即可得到高清图片：

png filename.png 4000,4000,ray=1

显示表面静电势

依次点击如下按钮即可：

Action -> generate -> vaccum electrostatics -> Protein contact protential (local)

显示氢键

依次点击如下按钮即可：

Action -> preset ->technical

此时蛋白会显示很多黄色小短线，表示的就是氢键的供体和受体

此时的展示形式略显混乱，可以根据蛋白链来标注颜色并用stick来显示模型


同时使用wizard->measurement来测量两个原子之间的距离，一般来讲氢键要求的距离要短于3.5埃

输出二级结构到文件

在pymol命令行中输入如下命令

open(“ss.txt”,“w”).writelines( [“Residue %s: %s\n”%(a.resi,a.ss) for a in cmd.get_model(“protein_name”+" and n. ca").atom] )

将上面的protein_name替换成自己蛋白的名称即可

运行之后，在该pdb文件的同一路径下就会有ss.txt文件记录着二级结构信息

批量输出二级结构

如果有多个pdb文件需要输出二级结构，可以利用pymol来运行python脚本来获取

将所有需要提取二级结构的pdb文件放到同一个目录下，并新建一个.py文件，命名为script.py（程序名可随意修改，不带空格即可），如下图

在script.py中写入如下程序：

import pymol
from pymol import *
import os

with open("secondary_structure.txt",'wt') as outfile:
    for filename in os.listdir():
        if filename.endswith(".pdb"):
            protein_name=filename.replace(".pdb",'')
            cmd.load(filename)
            outfile.write(f"{protein_name}\t")
            for a in cmd.get_model(protein_name+" and n. ca").atom:
                outfile.write(f"{a.ss}")
            outfile.write("\n")
            cmd.delete(protein_name)

使用pymol打开其中一个pdb文件并在命令行输入

run script.py

回车并运行，即可在同一目录下找到带二级结构的txt

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随缘更新。。。。