rpy2 这个 R 包 是一个连接Python和R语言的接口,使用它就可以愉快的在Python中写R。
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因为 rpy2 是 R 与 Python 的接口,因此在下载rpy2前,应先检查其对应的版本。
rpy2 对应版本查询
进入 rpy2 官方文档: 戳这里
在 Document 节 选择你感兴趣的版本:
比如我想下载的是 rpy2 3.5.1 则我点击对应的3.5.x版本,进入以下页面,点击 background:
可看到其依赖的 Python、R 的版本:
Python我已经有了,是3.7.3版本的,因此需要配置4.0以上的R,需要注意这里不要用conda 下载 R 语言,因为他默认最高的版本才3.6,如下所示:
用conda搜索可安装版本
conda search r-base
这里建议直接在 官网 下载。
安装R
因为 windows 和 linux 的教程很多,所以这里只演示 mac os 的配置。首先是从 官网 中下载对应版本的 dmg 文件,然后傻瓜式安装,安装完成后,在 launcher 会出现这样的图标:
这是R语言的GUI,可以双击打开输几个命令测试下,因为基本是dmg自动配置的,所以应该都不会出现什么问题。
但要在rpy2中使用R,还需要配置一个东西,即在我们的配置文件中设置R的路径。
首先进入配置文件:
vim ~/.bash_profile
然后插入R的路径:
R_HOME=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources
这里需要注意,与用 brew 安装 或 windows 和 linux 系统里不同,我们用dmg安装的库是类似以上路径,其中的前缀 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/ 大家都一样,我这里的 4.1 是指我的R是 4.1 版本的,大家可以根据自己下载的版本进行修改,如果不确定可以直接进 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/ 中搜索。
配置完成后,更新下配置文件:
. ~/.bash_profile
然后下载对应版本的rpy2即可:
pip install rpy2==3.5.1
安装完成后,进入python测试下:
import rpy2
print(rpy2.__version__)
输出为3.5.1,则安装完毕,接下来是rpy2的常用操作。
常用操作
TODO
常见错误
rpy2.rinterface_lib._rinterface_capi.RParsingError:
Parsing status not OK - PARSING_STATUS.PARSE_INCOMPLETE
这是解析错误,检查自己写的R语句格式,比如有没有少括号之类的。