OpenBlas让R的矩阵计算加速

本文介绍了OpenBLAS,一个开源高性能BLAS库,以及如何在R语言中安装和使用OpenBLAS以提升矩阵计算的速度。通过实验,作者展示了OpenBLAS相对于默认BLAS库的显著性能提升。
摘要由CSDN通过智能技术生成

R的极客理想系列文章,涵盖了R的思想,使用,工具,创新等的一系列要点,以我个人的学习和体验去诠释R的强大。

R语言作为统计学一门语言,一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发,R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入,R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域,教育,银行,电商,互联网….都在使用R语言。

要成为有理想的极客,我们不能停留在语法上,要掌握牢固的数学,概率,统计知识,同时还要有创新精神,把R语言发挥到各个领域。让我们一起动起来吧,开始R的极客理想。

关于作者:

  • 张丹(Conan), 程序员Java,R,Javascript
  • weibo:@Conan_Z
  • blog: http://blog.fens.me
  • email: bsspirit@gmail.com

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openblas

前言

昨天在IBM的大会上,又一次见到了OpenBlas主题的分享,这次必须要试一下。我第一次了解OpenBlas是在2年前的R语言大会上,听到了OpenBlas的各种优势,不过听完也就过去了。2年后再来这个项目,团队成员稳定,项目进展顺利,已经广泛接受,再不尝试一下就真的要落伍了。

目录

  1. OpenBlas介绍
  2. R和OpenBlas的安装
  3. 让R语言加速

1. OpenBlas介绍

OpenBlas是一个开源项目,是由 中科院软件所并行软件与计算科学实验室 发起的基于GotoBLAS2 1.13 BSD版的开源BLAS库高性能实现。

BLAS(Basic Linear Algebra Subprograms 基础线性代数程序集)是一个应用程序接口(API)标准,用以规范发布基础线性代数操作的数值库(如矢量或矩阵乘法)。该程序集最初发布于1979年,并 用于建立更大的数值程序包(如LAPACK)。在高性能计算领域,BLAS被广泛使用。例如,LINPACK的运算成绩则很大程度上取决于BLAS中子程 序DGEMM的表现。为提高性能,各軟硬件厂商则针对其產品对BLAS接口实现进行高度优化。

项目主页:http://www.openblas.net/

2. R和OpenBlas的安装

OpenBlas可以为各种语言底层,提供矩阵计算的性能提升,那么让我们把R和OpenBlas结合试试吧!

本机的系统环境:

  • Linux Ubuntu 14.01.1
  • CPU 双核 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2650 v2 @ 2.60GHz
  • 内存 4G

通过命令查看系统参数


# 操作系统
~ cat /etc/issue
Ubuntu 14.04.1 LTS \n \l

# CPU
cat /proc/cpuinfo 
processor	: 0
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 62
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2650 v2 @ 2.60GHz
stepping	: 4
microcode	: 0x428
cpu MHz		: 2600.048
cache size	: 20480 KB
physical id	: 0
siblings	: 2
core id		: 0
cpu cores	: 2
apicid		: 0
initial apicid	: 0
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
c
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