让你的R语言提速100倍

获取更多R语言知识，请关注公众号：医学和生信笔记

医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

R语言在进行很多运算时非常慢，这是它被诟病最多的一点，最近了解到这个openblas神器，换上之后，果然速度飞快！

以后你再做WGCNA这种运算时，速度蹭蹭蹭的！

OpenBlas简介

OpenBlas是一个开源项目，是由中科院软件所并行软件与计算科学实验室发起的基于GotoBLAS2 1.13 BSD版的开源BLAS库高性能实现。

BLAS（Basic Linear Algebra Subprograms 基础线性代数程序集）是一个应用程序接口（API）标准，用以规范发布基础线性代数操作的数值库（如矢量或矩阵乘法）。该程序集最初发布于1979年，并用于建立更大的数值程序包（如LAPACK）。在高性能计算领域，BLAS被广泛使用。例如，LINPACK的运算成绩则很大程度上取决于BLAS中子程序DGEMM的表现。为提高性能，各软硬件厂商则针对其产品对BLAS接口实现进行高度优化。

今天使用的OpenBlas来自于这个地址，是一个大佬修改版：Github

性能测试

进行一个简单的小测试，矩阵运算。

# 这是默认的Rblas
x<-matrix(1:(6000*6000),6000,6000)

system.time(tmp<-x%*%x)
  用户   系统   流逝 
102.41   0.05 102.50 

CPU使用率始终在6%，根本发挥不出我5900X的功力！

接下来看看换成OpenBlas之后的表现：

x<-matrix(1:(6000*6000),6000,6000)
system.time(tmp<-x%*%x)
 用户  系统  流逝 
20.14  2.52  1.19 

速度明显提升，太快了！原来要100多秒，现在只要1秒多！！震惊！！快了100倍。。。

安装使用

从上面我给的网址中下载OpenBLAS-0.3.20-x64.zip,可能会有更新，如果版本不一样不用慌。

解压OpenBLAS-0.3.20-x64.zip，找到 解压文件下 \bin\libopenblas.dll，将libopenblas.dll重命名为Rblas.dll ,然后替换掉R里面的文件（记得备份），我的R目录是C:\Program Files\R\R-4.1.0\bin\x64里面。

替换好之后，就可以享受飞一般的速度了！

获取更多R语言知识，请关注公众号：医学和生信笔记

医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。