nrrd格式的读取

最新推荐文章于 2024-08-24 09:22:15 发布
最新推荐文章于 2024-08-24 09:22:15 发布
阅读量1.3w 收藏 15
点赞数 1
分类专栏： Medical Image Processing 文章标签： nrrd
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/fignting_formyself/article/details/80272219
版权
本文介绍了NRRD格式的结构和版本历史，包括其头文件内容，如dimension、type、encoding和space信息。讲解了如何读取NRRD文件，特别是处理数据文件和头文件的分离，以及在不同平台上的区别。提到了Gzopen函数无法直接读取NRRD数据，需要先解压缩。并建议使用Teem库的unu命令行工具来获取文件头信息和进行数据处理。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1.NRRD文件
NRRD文件介绍官网    http://teem.sourceforge.net/nrrd/format.html

灵活的NRRD格式包含了一个单独的头文件和若干个可以被结合在一起或者分开的图像文件。NRRD头文件为科学可视化和图像处理准确地表征了N维光栅信息。

NRRD格式表征扩散加权图像(DWI)体积和扩散张量图像(DTI)。

为了目视确认张量的方向和期望的神经解剖学的结构一致，NRRD DWI 和 NRRD DTI 数据能够被读取为 3D 切片。

Ø  Magic

NRRD0001: 初始和最基本的版本

NRRD 0002 : 增加key/value 对(键值对)

NRRD 0003: 增加“kinds”：field

NRRD 0004 : 加入“thicknesses”和“sample units”，added "thicknesses:" and "sample units" fields,general space and orientation information ("space:", "spacedimension:", "space directions:", "space origin:", and"space units:" fields) , and the ability for the "datafile:" field to identify multiple data files.

NRRD 0005: 加入“measurement frame”

Ø  <

最低0.47元/天 解锁文章
fignting_formyself
关注
专栏目录
NRRD读取.zip_.nrrd_matlab 编辑nrrd_nrrdread_医学图像_图像读取
07-14
基于matlab编写的nrrd医学图像数据读取函数： nrrdread.m nrrdread_std.m
matlab读取nrrd格式文件
03-09
用matlab读取nrrd格式文件，支持raw和gzip编码
推荐文章：探索数据科学的瑰宝 —— pynrrd开源项目
最新发布
gitblog_01168的博客
08-24 317
推荐文章：探索数据科学的瑰宝 —— pynrrd开源项目 pynrrdSimple pure-python module for reading and writing nrrd files.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pynrrd 在数据分析与医疗图像处理的广阔天地里，一个强大而简洁的工具往往能开启无限可能。今天，我们向您隆重推荐一款专注于读取...
读取.nrrd和.dcm文件格式医学图片可视化与预处理
fcxgfdjy的博客
09-28 1569
MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，在这个数据格式中包含：1、一个单个的数据头文件：为科学可视化和医学图像处理准确地表示N维度的栅格信息。2、既能分开又能合并的图像文件。nrrd_options输出{u’dimension’: 3, # 维度u’encoding’: ‘raw’, # 编码方式u’kinds’: [‘domain’, ‘domain’, ‘domain’], # 三个维度的类型u’sizes’: [30, 30, 30], #三个维度的大小。
NRRD 格式文件阅读器：NRRD 文件阅读器-matlab开发
05-30
读取 NRRD 文件的元数据和图像数据。 这与 Jeff Mather 的实现相同，不同之处在于它包括删除任何创建的临时文件的修复程序。
医学影像中用 python 读取 nrrd 文件、nrrd转nii、nrrd转h5
紫芝的博客
09-26 9042
用 python 读取 nrrd 文件一般使用 pynrrd 这个库 1 安装pynrrd pip 安装 pip install pynrrd 源码安装 pip install git+https://github.com/mhe/pynrrd.git cd pynrrd pip install . // 注意不要忘了最后的小点 2 读取 nrrd 文件 //先导入 nrrd 库 import nrrd data_path=r'你自己的 nrrd 文件路径’ data,options=nrrd...
医学影像中用 python 读取 nrrd 文件，nrrd转nii，以及遇到的一些问题和解决方法
Admiral_x的博客
03-27 7667
DICOM, NII, NRRD 格式的文件是医学影像中处理文件遇到的常用格式，但是关于这方面的内容比较少，我自己在处理图像的过程中遇到了相关的问题，但是没有找到和我直接一模一样的问题，也没有相关的解决方法，所以我在有了解决想法之后，决定将我的想法分享出来。
NRRD NHDR 读取器和写入器：以 .nrrd 或 .nhdr 成像格式读取和写入体积数据和元数据。-matlab开发
05-29
新的编写器模块（nhdr_nrrd_write.m）应该与读取器模块（nhdr_nrrd_read.m）兼容，因为一个模块的输出可以作为另一个模块的参数提供，以读取或生成有效的.nhdr / .nrrd文件。 只要有可能，就会发出有用的错误和警告...
pynrrd:用于读取和写入nrrd文件的简单纯Python模块
05-17
pynrrd是一个纯Python模块，用于在numpy数组中读取和写入文件。 依存关系 该模块的唯一依赖项是 。 安装 通过pip和PyPi存储库安装（推荐） pip install pynrrd 通过pip和GitHub安装 pip install git+...
Vtk读取并显示保存图像
wishchinYang的专栏
09-27 3301
Vtk读取并显示图像：三种方法
用python实现文件的读取
11-04
如何实现试用python实现文件的读取import sys,random import getpass filename = sys.argv[0] f=open(filename,'r',encoding='utf8') line_no=0 with open(filename,'r',encoding='utf8') as f: for line in f: line_no+=1 print(line_no,':',line) f.close()
DICOM 医学图像到 NRRD 医学图像：将 DICOM 医学图像转换为 NRRD 医学图像的功能-matlab开发
05-30
我提供了一个将 DICOM 医学图像作为输入并将其转换为 NRRD 医学图像的函数。 用户必须在代码中设置 NRRD 的参数。 代码用英文正确注释。 欢迎任何意见或建议。 谢谢， 耶苏斯·蒙格（JesúsMonge）。
VTK渲染NIFTI和NRRD格式的数据
weixin_52443865的博客
11-15 189
【SimpleITK教程】SimpleITK读取Dicom序列
JianJuly的博客
07-26 1万+
医学图像数据常用的格式为dcm或者nrrd。 下面的教程展示，如何读取一个包含多张切片的dicom序列，并将其转换为单个3D的dcm文件 import SimpleITK as sitk # Dicom序列所在文件夹路径（在我们的实验中，该文件夹下有多个dcm序列，混合在一起） file_path = &quot;/data/jianjunming/BEOT/BEOT_1st/B/B13-5219...
NRRD文件格式-基本定义
亚当图像处理
12-23 9630
在处理图像的过程中，遇到很多NRRD格式的文件。有一些程序需要读取特定的头文件信息来进行处理，所以，在这里，对部分NRRD头文件的参数进行说明。 示例图像出处： http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/average_template/average_template_25....
matlab批量转化nrrd图像为tif___Vaa3D
远野贵树的博客
05-20 1017
在v3d中也支持nrrd图像的处理，但是windows 系统下不支持打开？不知道是不是我的v3d版本的问题。 因此写了一个nrrd图像批量转化为tif文件的代码，不过运行效率比较低。主要分为三个文件 nrrdread.m nrrdread.m 这个是从网上下的，这个文件里面，我去掉了Endian属性，因为我处理的图像是8位的，没有这个属性可选。 function [X, meta] = nrrdr...
python_Nrrd格式转JPG与PNG
yyy_3y的博客
08-31 1803
Nrrd是常见的医学图像标记格式。通过3D slicer做完标注后的数据格式为Nrrd，由于Nrrd处理起来没有JPG类似格式方便，然后网上找了一圈没找到，所以就试试看吧T_T 核心代码： image_data, image_options = nrrd.read(imagepath) nrrd_image = Image.fromarray(image_data) nrrd_image.save("./"+ each +".jpg", "JPEG") # 第一个参数为保存
C语言实现raw格式图像的读入和存取
热门推荐
君临天下的博客
11-10 2万+
C语言实现raw格式图像的读入和存取     raw格式是在生活中比较少见的图像格式，但是它作为一种相机的原始图像数据，在图像处理领域用处很多。raw格式的图像相当于就是一个二进制流，所有图像数据按顺序单字节存放，中间没有任何间隔，自然也不存在所谓的每一行一个回车，它的每个图像数据都是紧挨着的，读取的时候必须自己按照图像的分辨率进行存取，放在二维数组中的情况居多，当存取到二维数组中时才有
如何使用pycharm将批量dicom格式转为nrrd格式
05-18
可以使用以下步骤在 PyCharm 中批量将 DICOM 格式转换为 NRRD 格式： 1. 安装 Pydicom 库 在 PyCharm 中打开 Terminal（终端），输入以下命令安装 Pydicom 库： ``` pip install pydicom ``` 2. 编写 Python 脚本 在 PyCharm 中创建一个新的 Python 文件，输入以下代码： ``` python import os import pydicom import numpy as np import nrrd # 定义 DICOM 文件路径和输出 NRRD 文件路径 input_folder = "input_folder_path" output_folder = "output_folder_path" # 遍历 DICOM 文件夹中的所有文件 for dir_name, subdir_list, file_list in os.walk(input_folder): for filename in file_list: # 读取 DICOM 文件 ds = pydicom.read_file(os.path.join(dir_name, filename)) # 获取像素数组和元数据 pixel_array = ds.pixel_array spacing = np.array([ds.PixelSpacing[0], ds.PixelSpacing[1], ds.SliceThickness]) origin = ds.ImagePositionPatient # 将像素数组保存为 NRRD 文件 nrrd.write(os.path.join(output_folder, os.path.splitext(filename)[0] + ".nrrd"), pixel_array, header={"spacings": spacing, "space origin": origin}) ``` 在代码中，需要将 `input_folder_path` 替换为 DICOM 文件夹路径，将 `output_folder_path` 替换为输出 NRRD 文件夹路径。 3. 运行 Python 脚本 保存 Python 文件后，在 PyCharm 中运行该脚本。脚本会自动将 DICOM 文件夹中的所有文件转换为 NRRD 文件，并保存到输出文件夹中。 注意：在转换过程中，需要确保 DICOM 文件夹中的所有文件都是同一序列的扫描，否则输出的 NRRD 文件可能不正确。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值