NRRD文件格式-基本定义

在处理图像的过程中，遇到很多NRRD格式的文件。有一些程序需要读取特定的头文件信息来进行处理，所以，在这里，对部分NRRD头文件的参数进行说明。

• 示例图像出处：
  http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/average_template/average_template_25.nrrd
• 图像处理软件Fiji：
  https://fiji.sc/

下载示例图像，在Fiji中打开，可以看到一幅二维图像。

图1 图像示例

接着，查看NRRD的头文件。在Fiji中，选择“Image/Show Info”。

图2 NRRD头文件

从头文件中可以发现，NRRD格式显式地保存了图像的基本信息。
我们可以按行依次查看：

• Line 1: NRRD0004
  表示NRRD格式的版本，不同的版本在保存信息上存在差异。
• Line 2 and 3 # 开头，代表注释
  标注NRRD标准格式的网站，对某些细节感兴趣的读者，可以自己去探索。
• Line 4: type: unsigned short
  表示文件存储数据的数字范围，这里表示图像的像素值范围在0-255。
• Line 5: dimension: 3
  表示图像是三维的
• Line 6: space: left-posterior-superior
  表示物理空间的坐标系
• Line 7: sizes: 528 320 456
  表示图像在每个坐标中的像素个数。此时可以参照图1的大小和左上角的显示信息。
  这里需要注意的是，与Matlab中保存三维矩阵不同，这里的528代表的是图像长度（从左到右），对应Matlab三维矩阵的列方向（column）；320代表的是图像的宽度（从上到下），对应Matlab三维矩阵的行方向（row）。
  如果，我们利用Matlab三维矩阵来保存这幅图像，那么我们需要的三维矩阵应该初始化为 data=zeros([320, 528, 456]);
• Line 8: space directions: (25,0,0) (0,25,0) (0,0,25)
  代表了图像中的坐标空间与物理空间的对应关系。

space，space directions和space origin一起组成了，像素空间到物理空间的映射矩阵，如下图所示

图片来源：
https://slideplayer.com/slide/9866429/
https://www.na-mic.org/wiki/NAMIC_Wiki:DTI:Nrrd_format