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Mimic-III 数据库挖掘探索——连续性肾脏替代治疗（CRRT），零代码提取数据，复现文章。

今天教大家如何分析Nomogram类型的文章，零代码提取MIMIC-III数据。

定时删除某文件夹下，当前月份之外的所有文件夹。

前言不知不觉，时间过得太快，这个教程的学习居然拖。。。了半年！趁春节放假，还是把它完成吧。顺完这个教程之后，测序相关的上下游分析算是打通了一二，暂告一段落。参考Jimmy老师的ChIP-seq教程《https://cloud.tencent.com/developer/article/1346037》。感恩！过程不赘述，上面教程有所有的分析和代码。还是在conda里面进行分析，这个环境集中安装了所有需要的程序。简略过程如果你做过RNA-seq或者WES等的上游分析，那流程应该就很熟悉了。1

前言感谢吕教授的代码和指导！还是之前那篇文章：1. SEER 数据库数据提取。解剖学位置：Site and Morphology: Primary site-labeled = c09.0,c09.1,c09.8,c09.9;形态学编码：8070/3, 8071/3, 8072/3, 8083/3；Year of diagnosis: 与AJCC（第六版）的配套：2004-2016；总共拿到2万多条数据。2.数据清洗都在R里面完成，这样不用每次都整excel，直接在R里面调整即可。出现新

环境：Windows 10参考：医学方的技术贴。嗯，其实过程挺简单的。1 准备工作已经申请并验证好physionet的账号和使用权限，并拿到培训证书。开代理，下载好mimicIII的所有压缩包。解压好所有的csv。下载https://github.com/MIT-LCP/mimic-code。下载并安装好windows版PostgreSQL。下载并安装好Navicat Premium。2 导csv入数据库大概使用这些代码就行## 因为是刚安装的软件，直接CREATE DATABASE

首先感谢生信技能树！书接上回，看完了jimmy B站的WES视频及教程《给学徒的WES数据分析流程》。因为不知道他的原始数据在哪，找了一个乳腺癌WES cohort队列把整个流程跑完了。然后还想找一些WES/WGS的现成教程跟着学习的。结果找到这个教程：Exome sequencing data analysis for diagnosing a genetic disease 。是一个在线数据处理平台：galaxy。当然了，先是按教程走完了分析。结果还不错，发现了导致骨硬化病的基因CA2。

这段时间太多事，生信学习耽误了很长一段时间，这几天终于撸完了生信技能树B站的RNA-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜写生信代码所致，无任何不良嗜好，请大家放心交友。将一台老电脑改装成了win+linux双系统，取了1万条reads进行处理顺完了这个教程：原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练。然后再完整的顺完这个教程 一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定！。破电脑可怜的6...

WGCNA复现：小胶质细胞亚群在脑发育时髓鞘形成的作用Hi大家好，我是老米！生信入门一个月，感谢生信技能树平台。Homework Response to: 重复一篇WGCNA分析的文章。WGCNA学习教程：一文学会WGCNA分析。复现的文献：A novel microglial subset plays a key role in myelinogenesis in developing b...

生信学徒一个月。因为每天能抽出的时间确实不多，每天晚上挤出一点时间学习生信,所以进度有点慢。现在开始开博记录自己的历程。今天完成一个作业，其实是应该完成一篇GEO数据挖掘的过程的。因为视频还没看完【捂脸】，所以先把作业交了。刚入行，才知道Y叔原来是南方医的博导啊！教程地址：为R包写一本书（像Y叔致敬）。Jimmy给了处理好的上下调的GeneName的txt文本列表（我去up列表做分析）。而...