作业：KEGG可视化-绘图

生信学徒一个月，入门抱大腿《生信技能树》，感恩！因为能抽出的时间确实不多，每天晚上挤出一点时间学习生信，所以进度有点慢。现在开始开博记录自己的历程。
今天完成一个作业，其实是应该完成一篇GEO数据挖掘的过程的。因为视频还没看完【捂脸】，所以先把作业交了。
刚入行，才知道Y叔原来是南方医的博导啊！

教程地址：为R包写一本书（像Y叔致敬）。

Jimmy给了处理好的上下调的GeneName的txt文本列表（这里取up列表做分析）。而拿来做KEGG作图的需要ENTREZID，故而需要小小转换一下。hsa人种属转换用org.Hs.eg.db包。代码如下：

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
gene_up <- read.table("up_gene.txt")
colnames(gene_up) <- "GeneName"
gene_up_id <- bitr(gene_up$GeneName,
                   fromType = "SYMBOL",
                   toType = "ENTREZID",
                   OrgDb = "org.Hs.eg.db"
                   )

而后做enrichKEGG分析：

enrichKK <- enrichKEGG(gene = gene_up_id$ENTREZID,
                       organism = "hsa",
                       pvalueCutoff = .1,
                       qvalueCutoff = .1)

不知道为啥有时候等待KEGG的结果很慢。网速？然后看一下enrich出来的是啥东西：

> class(enrichKK)
[1] "enrichResult"
attr(,"package")
[1] "DOSE"

> head(enrichKK)[,1:6]
               ID                            Description GeneRatio  BgRatio       pvalue    p.adjust
hsa04657 hsa04657                IL-17 signaling pathway      7/63  94/7946 8.348006e-06 0.001185417
hsa04310 hsa04310                  Wnt signaling pathway      8/63 160/7946 3.430502e-05 0.002435656
hsa05323 hsa05323                   Rheumatoid arthritis      6/63  93/7946 8.680682e-05 0.004108856
hsa04060 hsa04060 Cytokine-cytokine receptor interaction      9/63 294/7946 4.689824e-04 0.016105536
hsa05210 hsa05210                      Colorectal cancer      5/63  86/7946 5.670963e-04 0.016105536
hsa05213 hsa05213                     Endometrial cancer      4/63  58/7946 1.104998e-03 0.023319793

然后居然可以打开网页查看信号通路的图：

> browseKEGG(enrichKK,"hsa04657")

这图实在太丑了！
下面这一步没怎么搞明白。。。

enrichKK = DOSE::setReadable(enrichKK,OrgDb = 'org.Hs.eg.db',keyType = 'ENTREZID')
enrichKK

然后就是画各种图了。

dotplot(enrichKK)

barplot(enrichKK,showCategory = 20)

cnetplot(enrichKK,categorySize="pvalue",foldChange = gene_up_id$ENTREZID,colorEdge = T)
cnetplot(enrichKK,foldChange = gene_up_id$ENTREZID,circular=T,colorEdge=T)

emapplot(enrichKK,pie_scale=1.5,layout = "kk")

上面这图也很丑！而且还看不清，不是很喜欢！

heatplot(enrichKK)