奇技淫巧第6期

csdn的朋友们，好久不见。这次是对 1 月份和 2 月份的知识点总结。

python 歪门邪道

os.path.splitext

os.path.splitext 可以对文件路径进行分割得到 文件后缀名 和 刨除后缀名 两部分
对于文件名，直接是 name + .xyz
对于路径，是 path/to/name + .xyz
注意，这里的后缀名是 .xyz 而不是 xyz
大多数函数中，对于 format 的要求是后者，是不带点的 xyz

如果路径是字符串类型，可以用列表的方式索引 [0 : -4]
但这样子索引只是去除后三位，长一点的，比如 pickle 需要到-6
这种方法索引得到的前半部分，带有小数点，再加后缀名时不用再加小数点，或者索引时到-5

typing 模块的 union

使用 typing 模块的 union 可以指定某参数的类型，多个候选
vars: Union[int, str]
vars 可以是 int ，也可以是 str
optional，只能有一个候选（如果None也算一个的话，可以有两个候选）
https://www.cnblogs.com/poloyy/p/15170066.html
https://www.cnblogs.com/poloyy/p/15170297.html

进制转换去掉标志符

https://blog.csdn.net/kongtaoxing/article/details/119699820
Python进制转换后去掉“0b“,“0x“,“0o“
一种方式是利用字符串列表的索引 [2: ]
另一种是使用format

slice 对象

python 内置对象 slice 的源码

class slice(object):
    start: Any
    step: Any
    stop: Any
    @overload
    def __init__(self, stop: Any) -> None: ...
    @overload
    def __init__(self, start: Any, stop: Any, step: Any = ...) -> None: ...
    __hash__: None  # type: ignore
    def indices(self, len: int) -> Tuple[int, int, int]: ...

输入是 start, stop, step 三个对象，只有一个方法，indices，该方法返回一个元组
注意三者的顺序，是先 start 再 stop 最后 step

python的global关键字

正常情况下在函数体外定义的变量可以在全局使用，但是如果在函数体内对其有修改，python就认为该变量是一个局部变量，会报错。因为该变量在函数体外定义过了，一个变量不能即是全局变量，又是局部变量

为了解决上述问题，在函数体内加上global关键字，此时再对该变量进行修改，python仍然认为其是全局变量。简单说就是在面临二选一时，选择了全局变量。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/111284408
需要注意的是，全局变量在经过修改后，其内部存储的数值会发生变化
不加global的关键字，进入函数体后不再改变，可以看成C语言里的宏

def add():
    global x
    x = x + 1
    print(x)
x=1
add()
print(x)

#2
#2

cython

网上介绍cython的文章很多，不如官方文档清晰
https://moonlet.gitbooks.io/cython-document-zh_cn/content/ch1-basic_tutorial.html

简记：
$ python setup.py build_ext --inplace
运行完上述命令会在你的当前目录生成一个新文件，如果你的系统是 Unix，文件名为 helloworld.so，如果你的系统是 Windows，文件名为 helloworld.pyd

有的python库中包含cython，c拓展
如果是源码安装需要分成两步
python setup.py build_ext --inplace
这句话编译pyx（cython）文件，生成可执行的pyd文件
python setup.py install 这句话把整个包装到环境里

seaborn保存图片

https://blog.csdn.net/qq_39560620/article/details/105596149

删除文件

python os 模块删除一个文件，或者文件夹
os.remove( ‘path/to/file’ )
os.unlink( ‘path/to/file’ )
这两种都是删除单个文件，区别在于后者在删除时，如果被删除文件正在被使用（比如正在被记事本打开浏览），会抛出异常。前者不会
os.rmdir( ‘path/to/dir’ ) 只能用来删除空的文件夹
os.removedirs( ‘path/to/dir’ ) 递归的删除文件夹，只能是空的
可以用shutil模块
import shutil
shutil.rmtree()
这个可以删除含有文件的文件夹
https://www.cnblogs.com/aaronthon/p/9509538.html

图卷积神经网络

官方文档&论文链接&论文通俗解释
GCNConv的简单实现：https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/notes/create_gnn.html
论文：https://arxiv.org/abs/1609.02907
论文通俗解释：http://tkipf.github.io/graph-convolutional-networks/

symlink

symlink可以symlink symlink文件
target可以是symlink文件
文件的type是最终的根文件
symlink文件完全可以当成正常的文件，前提是根文件存在
注意！！！symlink 的母文件路径一定是绝对路径，不能是相对路径

python 改写文件

读取旧文件，新建文件，把旧文件内容写入新文件，删掉旧文件，重命名新文件
https://www.cnblogs.com/wc-chan/p/8085452.html
https://www.yiibai.com/python/python_files_io.html

一天一句linux

rm -rf *

清除当前文件夹下所有文件
https://blog.csdn.net/xuehuafeiwu123/article/details/78563295

linux &和nohup（no hang up）

& 是任务放到后台处理，但是退出会话窗口后，任务中断
no hang up是不挂起，hang up就是挂断电话的意思，no hang up是不挂断的意思
该命令经常和&一起使用
但是只有二者的话
比如
nohup ./frps -c ./frps.ini &
会有如下信息：
nohup: 忽略输入并把输出追加到"nohup.out"
原因在于，程序运行过程中可能会报错，如果没有nohup，报错可以直接在终端窗口显示。
但是有了nohup，报错就没地方显示了，linux默认输出到nohup.out
如果当前目录没有nohup.out，则会新建一个
常见的还有，输出到当前目录下的null文件里
nohup ./frps -c frps.ini >> null 2>&1 &
输出到当前目录下的my.log文件里
nohup ./frps -c frps.ini >> my.log 2>&1 &
https://blog.csdn.net/qq_26129413/article/details/109890013

taskset -c 1

这种应该算是辅助命令，如果放在真正执行的命令后面，比如python dispatch.py，taskset将不被执行

top命令详解

https://linux.cn/article-2290-1.html

linux 查看内存，cpu使用情况

https://www.cnblogs.com/li-xingtao/p/4372500.html

一分钟了解 load average

https://www.w3cschool.cn/architectroad/architectroad-loadaverage.html

ls | wc -w

linux查询当前目录下有多少文件
https://blog.csdn.net/a1007720052/article/details/79408681

nvidia-smi

中间的 - 链接二者，没有间隙

升级cmake、安装GCC

1. 升级centos系统下的cmake版本
   https://www.cnblogs.com/chenjian688/p/14446094.html
2. 离线安装gcc
   https://www.cnblogs.com/liuxingcheng/p/11404806.html
   注意，最后 make 和 make install 的时候需要用到 root 权限。最好一开始就用 root 装
3. https://blog.csdn.net/qq_32486011/article/details/106871012
   在更新gcc版本以后，使用软链接替换旧 gcc 版本

linux文件路径

./ 表示当前文件夹
/ 表示当前文件夹所在的根目录

git

git clone 报错的其中一种解决办法

https://blog.csdn.net/zxhzm_life/article/details/120253790
把链接开头的 https 换成 git 即可

git rebase 简记

https://blog.csdn.net/weixin_42310154/article/details/119004977
rebase 可以看作 re-base 换基
常用场景如下：
个人分支作了一些修改，此时主分支有一些新的重要的修改，通过rebase操作可以让个人分支的 base 更新到最新的主分支，同时个人分支上的修改保留。
pycharm 专业版 对于 git 模块有非常好的教程！
https://ruanyifeng.com/blog/2020/04/git-cherry-pick.html cherry pick 和 merge 也很重要

gaussian

gaussian使用虚原子小技巧：
gaussian默认使用冗余内坐标进行分子构型优化（俺不是很懂，反正这么多年了，一直用它肯定很厉害）
但对于线性分子，比如氰分子等，优化会出现问题，因为出现了180°的角
为了解决这个问题需要引入虚原子，在关键词opt=z-matrix下优化
即，从，冗余内坐标转变为内坐标
虚原子建模方法：
①先用xtb粗优化一下，然后把线性片段涉及的三个原子的xyz坐标调整到最后
②把xyz坐标复制到一个gjf文件里，gview打开该文件
③虚原子放置在线性分子中间原子附近，二者加上单键
④此时虚原子是新加的，序号在最后，不能有效改善成键180°的问题，解决方法是随便找一个原子代替线性片段中的一个原子（比如Ar代替线性片段中的O），再用原来的原子替换回来。这样子倒腾一下，新加的x原子的序号就不是最后了。
⑤文件另存为时把xyz格式那个√去掉，加上关键字opt=z-matrix即可
注：可以使用 atom list 调整原子序号

需要注意的是，邻接矩阵中，虚原子是不算的，所以排在虚原子后面的原子的序号集体前进一位
此外还需要固定虚原子与其他原子的键长、键角和二面角，方法①是把虚原子对应的三个数据直接填上去，方法②是在其他原子的键长键角二面角数据后面，空一行，再写虚原子的。
http://sobereva.com/404
使用list调整虚原子序号，更方便
http://bbs.keinsci.com/thread-1972-1-1.html

ase

neighborlist 里面有一个cutoff，还有一个skin
cutoff 本意是当两原子距离小于了二者的 cutoff 之和，二者成键
因此这个cutoff设定为原子的共价键半径
ase的view里面，就是按照这个cutoff来的
skin是原子的皮肤厚度，即，原子处于无序化运动时，如果动的很小，我们认为它没动，之前的邻居关系可以保留
当原子跑出了它的皮肤，就需要更新它的邻居了
但是bug在，neighborlist在初始化时，cutoff是naturalcutoff和skin之和
比如，两个碳原子相距2.0A，碳原子的naturalcutoff是0.76，如果不算skin的话，二者不成键，算的话就要成键了。所以在不需要频繁update neighborlist的情况下（不跑MD, MC），skin需要显式的设为零。

abcluster 安装问题

今天忙活大半天只改了一个bug

/usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX 3.4.21’ not found
简述：需要安装一个软件，但这个软件需要一个动态链接库。我们服务器连不到外网，gcc版本只有4.8.5，不支持需要的那个动态链接库（GLIBCXX 3.4.21）
解决方案：
最开始想的是借一台超算，gcc版本大于4.8.5即可，问了一大圈，要么是不满足条件，要么是各种拖，最烦那种接了别人的活儿，也不干，就一直拖。
后来仔细想一想，软件只是依赖于那个特定版本的动态链接库，我直接下下来，手动安装不就行了。网址在https://pkgs.org/download/libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.20)(64bit)，网址是好网址，东西是好东西，拖到超算上以后发现gcc不支持，白瞎。
崩了，俺上网租一台服务器还不行。
网上一搜，没有适合的，多核的CPU租赁平台。要么是面向网页开发，要么是面向机器学习。没有专门租CPU的。
俺甚至申请了账号，上去一看CPU只有两个核，还不如俺的台式机。
最后又回到了第一条路，四处跪舔别人，求借节点。
终于！！功夫不负老舔狗，有一个师姐说，她遇到过类似的问题。
真正的解决方案是：
anaconda在安装的过程中会自带一个gcc和完整的一套动态链接库。
在.bashrc里把动态链接库链接到anaconda的lib路径即可！
也就是一句话
export LD_LIBRARY_PATH=/home/xxx/anaconda3/lib:$LD_LIBRARY_PATH

改的第二个bug是：

If you prepare an input file on Windows and copy it to Linux, ABCluster may not recognize its format and report such an error.
张老师完美预判了我经历的两个bug！在手册里他说解决办法是：In this case, please transform the Windows file format into Linux one by dos2unix or using :set fileformat=unix in VIM.
俺看不懂，但大受震撼。因为俺的服务器连不上网，又没有dos2unix，俺要哭了，还好俺坚强。
土方法：
用linux下跑过的，生成出来的xyz文件做母体，把里面内容情况，把准备好的内容直接复制进去。问题解决。
原理是为什么，至今俺还没想明白。大概是linux生的xyz文件和win下的不一样，即使他俩内容标题完全一致，也不行！不同的出身，不同的阶级！