软件安装
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mummerplot gnuplot 安装(nucmer)
.原创 2023-02-17 10:51:52 · 829 阅读 · 0 评论 -
BLAST word-size
原创 2023-01-28 18:28:26 · 870 阅读 · 0 评论 -
DAVID-GO-记录
https://david.ncifcrf.gov/home.jsp2. upload data3. analysis4. results5. plotbarplot(data,showCategory = 15,title = "test")原创 2021-12-20 14:00:58 · 369 阅读 · 0 评论 -
IGV-Introduction
titleauthordateBasic IGV IntroductionBanner Wang CNovember 11th, 2021Learning ObjectivesBasic IGV windows IntroductionVisualization of dataOfficial websitehttps://github.com/griffithlab/rnaseq_tutorial/wiki/IGV-Tutorial1The too...原创 2021-11-11 19:41:44 · 489 阅读 · 0 评论 -
软件Trimmomatic
文库构建前,核酸经过随机打断,有的本身就长短不一(mRNA),因此接头之间片段长度也长短不一,而二代测序的测序长度一般是固定,肯定会有部分短于测序读长的序列被测序,因此测序序列中包含了部分或全部接头序列,需要进行接头序列的检测并过滤掉对应的reads或截掉接头序列。Trimmomatic下载链接Paired End:You often don’t need leading and traling clipping. Also in general keepBothReads can be useful原创 2021-08-31 15:48:13 · 871 阅读 · 0 评论 -
软件安装-编译安装 make -j8 || No zlib.h
C语言配置 .configure --prefix=‘path’编译 make安装 make install重新编译 make clean环境配置 .bashrc原创 2021-08-28 10:55:50 · 287 阅读 · 0 评论 -
Rtools安装,Bioconductor安装,devtools安装,R包本地安装,Rstudio更换镜像
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:已经安装了Rtools,报错。发现R与Rtools要匹配。原创 2021-07-16 17:52:56 · 2333 阅读 · 0 评论 -
GDC-Client使用
官网GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具,可以找到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且提示说,如果你想要安装 RedHat Enterprise Release 6 版本的 gdc-client 需要跟 GDC 进行联系!!centos 安装gdc-clientconda create -n gdc python=3.7source activate gdcgit clone .原创 2021-06-28 14:58:14 · 1176 阅读 · 1 评论 -
VIRUSBreakend Debug
https://github.com/PapenfussLab/gridsshttps://github.com/PapenfussLab/gridss/blob/master/VIRUSBreakend_Readme.mdDownloading nucleotide est accession to taxon map...rsync: link_stat "/taxonomy/accession2taxid/nucl_est.accession2taxid.gz" (in pub) failed:原创 2021-06-02 00:05:52 · 520 阅读 · 0 评论 -
基因组重复序列检测:RepeatMasker
转载RepeatMasker是重复序列检测的常用工具,通过与参考数据库相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列,属于同源预测注释的方式。基因组组装完成后,进行基因预测和注释。由于基因组中存在重复序列结构区,特别是高等真核生物,重复序列占了相当大的比例,会影响基因预测的质量,也会带来不必要的资源消耗。因此在基因预测前,首先要检测并屏蔽基因组中的重复序列。对于这种情况,只是为了屏蔽重复序列降低后续基因预测的压力,重复序列的检测可不必纠结。当注释基因组重复序列结构,也可能是专注于某些特定研究,例原创 2021-05-28 15:46:55 · 2430 阅读 · 0 评论