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GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具,可以找到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且提示说,如果你想要安装 RedHat Enterprise Release 6 版本的 gdc-client 需要跟 GDC 进行联系!! - centos 安装gdc-client
conda create -n gdc python=3.7
source activate gdc
git clone https://github.com/NCI-GDC/gdc-client
cd gdc-client
pip install -r requirements.txt
python setup.py install 2>&1 | tee -a install.log
运行代码
/home/hjb_usr04/anaconda3/envs/gdc/bin/gdc-client download -m /home/hjb_usr04/ncbi/dbGaP-29277/gdc_manifest_1098.txt -t /home/hjb_usr04/ncbi/dbGaP-29277/gdc-user-token.2021-06-28T06_43_05.268Z.txt -d /NAS/TCGA-HNSC/z_download.tmp/
- Data Transfer Tool Command Line Documentation
命令行参数 - Preparing for Data Downloads and Uploads
必备的manifest-file和token-file
如何获得
Windows安装,不太方便没尝试。