QSAR生命的发动机卟啉c20h14n4---用反向传导做卟啉的分子模型




卟啉是一种非常重要的化学物质,是血红素,叶绿素,血蓝素,维生素B12的核心结构,如果没有卟啉也许也可能有生命但肯定不是现在的样子。 如此神奇的物质到底是如何作用的,按照QSAR的原理,结构决定分子的一切,就用神经网络的反向传导原理去模拟卟啉的网络结构看看平衡态的单双键的键值到底是多少。

虽然很难说这么算出来的值和实际的化学物质的键值有什么联系,但是就像破译密码,去分析一下字母出现的频率对破译总是有帮助的。





将卟啉的分子旋转很容易观察到这种结构的高度对称性,根据这种对称性由神经网络的反向传导原理做出网络结构





这是至今为止用这种办法模拟的最复杂的分子,有38个原子,通过用原子反向传导的启动顺序来实现结构的对称性,

第一步:n31,c33,c34

第二步:c32,c35 ,h33,h31,h34

第三步:cb,cc

第四步:c25,c42,hcb,hcc

第五步:n21,n41,c24,c43

第六步:c23,c44,h24,h43

第七步:c22,c45,h23,h44

第八步:ca,cd

第九步:c12,c15,hca,hcd

第十步:c13,c14,n11

用这个顺序分10次启动着38个网络可以得到相对对称性比较强的结果,这个网络的计算速度很慢只收集了20组数据,也许数据再多些对称性还会更强










具体数据



fff31[0] fff31[3] fff31[k31-1] fff32[0] fff32[2] fff32[3] fff33[0]
0.50019965 0.49999936 0.50003875 0.50048135 0.50032246 0.50042307 0.50010892
0.50010612 0.49999967 0.4998955 0.50003275 0.49995561 0.50000973 0.49954929
0.50000252 0.4999985 0.49967599 0.49989962 0.49898636 0.49921918 0.49977703
0.50042953 0.50341906 0.50020105 0.50094352 0.50075112 0.50073435 0.50018997
0.50004792 0.49999935 0.49987747 0.5001011 0.49989094 0.49987704 0.49993117
0.50115668 0.49999601 0.50016529 0.50000657 0.50021275 0.50006499 0.49986455
0.5000539 0.49999852 0.49997342 0.49990866 0.49985083 0.49979737 0.49978022
0.50004478 0.49999899 0.50006119 0.50023457 0.49987327 0.49987355 0.49986672
0.50002944 0.49999875 0.49999546 0.50022422 0.49991016 0.49984897 0.49981
0.49996945 0.49987321 0.50008228 0.49994547 0.50029236 0.50024357 0.50042444
0.50061788 0.49999895 0.50014232 0.49985192 0.50088449 0.5006523 0.49984362
0.49997235 0.49999943 0.50050985 0.49990911 0.50001606 0.49998451 0.50010931
0.49976872 0.49999749 0.49984323 0.50010407 0.49989588 0.49997081 0.49976063
0.50064954 0.49999926 0.49998032 0.49994929 0.50045048 0.50035429 0.49977302
0.50001121 0.49999954 0.50005306 0.50014886 0.50005381 0.50001695 0.49998713
0.50003148 0.49999973 0.49970092 0.49985557 0.49997962 0.49996956 0.49984922
0.50053 0.49999909 0.50014123 0.50007013 0.50010349 0.5000875 0.49990008
0.50073978 0.49999844 0.50005865 0.50018205 0.4999626 0.50011862 0.49996281
0.49997846 0.49999926 0.50002686 0.4995364 0.49995221 0.49999518 0.49990723
0.50031286 0.49999957 0.50008032 0.50008314 0.50031622 0.50027187 0.49991514
             
0.50023261 0.50016361 0.50002516 0.50007342 0.50008304 0.50007567 0.49991553


fff33[1] fff33[k33-2] fff35[2] fff35[3] fff35[k35-1] fff34[1] fffcb[0]
0.50006506 0.49999942 0.50025393 0.5006656 0.50016661 0.49984494 0.50044868
0.49958234 0.49999958 0.49999794 0.49994297 0.50001034 0.49999937 0.50025687
0.49986515 0.49999856 0.49998205 0.50005606 0.49998829 0.49999847 0.50011179
0.50013178 0.49999741 0.5008465 0.5007784 0.50017728 0.49977348 0.50088464
0.49984447 0.49999914 0.50016527 0.50007667 0.50006144 0.49999919 0.50020863
0.49989821 0.49999593 0.5001718 0.50023535 0.5001552 0.49999634 0.50094277
0.49985058 0.4999985 0.50006598 0.4999732 0.50008298 0.49999855 0.50017652
0.49995062 0.49999913 0.49991282 0.50008138 0.49998608 0.4999993 0.50012143
0.49988395 0.49959695 0.49985779 0.49996588 0.50000778 0.49999895 0.50038103
0.500325 0.49982716 0.50022117 0.50047745 0.50050116 0.49999953 0.50032956
0.49993679 0.49935859 0.49994412 0.49990603 0.49997023 0.49999912 0.50136799
0.50015923 0.4999995 0.50000371 0.50008705 0.5001555 0.49996428 0.50031738
0.49985865 0.49999794 0.50008964 0.49994859 0.49988112 0.49999698 0.50059988
0.49986914 0.49974864 0.49985469 0.50004765 0.50008088 0.49999928 0.50021728
0.49997176 0.49999931 0.50013645 0.50013885 0.50002452 0.49999962 0.50032392
0.49989511 0.4998048 0.50001424 0.50000602 0.49987978 0.49999968 0.50016511
0.49999887 0.49986126 0.49999536 0.49992045 0.50002578 0.4999994 0.49973779
0.49986386 0.49987657 0.50012103 0.50000727 0.50022788 0.49999827 0.49946778
0.4999935 0.4995214 0.49996289 0.50002233 0.49999887 0.49999904 0.50061912
0.49998683 0.49986337 0.50002062 0.49999628 0.50003708 0.49999971 0.50023305
             
0.49994655 0.49987216 0.5000809 0.50011667 0.50007094 0.49997817 0.50034556


fffcb[1] fffcc[kcc-1] fffcc[kcc-2] fff23[0] fff23[1] fff23[k23-2] fff23[k23-1]
0.49999915 0.50073138 0.49999922 0.50040289 0.50043833 0.4999995 0.50007386
0.49999962 0.50007961 0.49999948 0.49993656 0.49997129 0.49950055 0.50005679
0.49999969 0.50001437 0.49999868 0.50003959 0.50007342 0.49999844 0.50009282
0.49999643 0.50001733 0.49999625 0.5008443 0.50085125 0.49999682 0.50142912
0.49999895 0.50088103 0.49999914 0.49995281 0.49991245 0.49980069 0.49997439
0.49999558 0.50012657 0.49999711 0.50022333 0.50016094 0.4999964 0.49988615
0.49999869 0.50022729 0.49999882 0.49991694 0.4998907 0.49958297 0.49993646
0.49999945 0.49992766 0.49999931 0.49993298 0.4998538 0.49960473 0.50001209
0.49999877 0.50005185 0.49999829 0.50005504 0.50014444 0.4996862 0.50020586
0.49999949 0.49998917 0.49999953 0.50020001 0.50023592 0.4999996 0.50008233
0.49911899 0.49989181 0.49999908 0.5000246 0.50004223 0.49999902 0.50002788
0.49999941 0.50013054 0.49993168 0.50041392 0.50027112 0.49999957 0.50047726
0.4999969 0.49991814 0.49999812 0.50056221 0.5006461 0.49999692 0.50012349
0.49999893 0.50128043 0.4999993 0.50025034 0.50021646 0.49999891 0.50010424
0.49999966 0.50067906 0.49999955 0.5000392 0.50014251 0.49999951 0.50036009
0.49999962 0.49980864 0.49999973 0.50007426 0.49997496 0.49984161 0.49992156
0.49986741 0.49998809 0.49999914 0.49990143 0.49987844 0.49999913 0.50003671
0.4995979 0.50008517 0.49999866 0.50013036 0.50008033 0.49999833 0.50016058
0.49999901 0.50122336 0.49999919 0.50000631 0.50001812 0.49962438 0.49990265
0.49999971 0.50080529 0.4999996 0.50027203 0.5001783 0.49999962 0.50036147
             
0.49992817 0.50029284 0.49999549 0.50015896 0.50014906 0.49988115 0.50016129




fff22[2] fff22[3] fff22[k22-1] fff25[0] fff25[1] fff25[k25-1] fff24[1]
0.49992617 0.49989369 0.50010548 0.5000196 0.5000264 0.50043152 0.49999944
0.50026909 0.50036236 0.50084211 0.49988071 0.49990175 0.50024929 0.49999964
0.4998901 0.49984563 0.49931961 0.50012875 0.50026516 0.50011945 0.50281136
0.50056616 0.50071765 0.50162348 0.50011622 0.50024094 0.50085211 0.49999548
0.4999439 0.50003387 0.50058948 0.49987269 0.49991388 0.50018269 0.49999896
0.49993821 0.4998576 0.49956177 0.50111962 0.50141685 0.50093453 0.50361099
0.50033323 0.50057982 0.50038767 0.49894098 0.49834126 0.50006932 0.49999828
0.50048478 0.50033193 0.50025575 0.49840564 0.49856365 0.50006533 0.499999
0.50066482 0.50054869 0.50117947 0.50021016 0.50027769 0.50037132 0.49999884
0.49993777 0.50000134 0.50008677 0.5000354 0.50000781 0.50031343 0.49999954
0.49977988 0.499753 0.50024421 0.50020346 0.50043235 0.50134989 0.50246726
0.50027269 0.50030586 0.50010064 0.49993845 0.50005384 0.50031622 0.49999962
0.49987256 0.50001043 0.50013767 0.50018258 0.50016619 0.50058406 0.49999808
0.49997636 0.49993806 0.5000449 0.50001943 0.5000611 0.50019331 0.49999884
0.50020027 0.5002892 0.50008556 0.49994761 0.49996279 0.50031366 0.4988074
0.50020502 0.50029231 0.50035448 0.50004077 0.50003246 0.50015676 0.49999955
0.49998177 0.50004386 0.50017051 0.50005986 0.50006146 0.49974755 0.49965503
0.49989585 0.49994097 0.50008219 0.49990466 0.49988534 0.49947531 0.50283988
0.50035826 0.50055529 0.5002116 0.49974637 0.49976497 0.50061856 0.49999898
0.50021103 0.50019332 0.50010669 0.49956958 0.49961353 0.50022776 0.49999964
             
0.5001354 0.50017474 0.5002745 0.49991713 0.49994947 0.5003286 0.50050879


fff43[0] fff43[1] fff43[k43-2] fff43[k43-1] fff41[0] fff41[1] fff41[k41-1]
0.49997106 0.5000213 0.49971931 0.49992479 0.50072746 0.50083917 0.49968088
0.50029626 0.50044224 0.49999955 0.50017573 0.50012413 0.50010448 0.50010565
0.49994049 0.49985167 0.49999798 0.49996012 0.50033869 0.50055936 0.50027846
0.50053196 0.50054944 0.4999964 0.49994252 0.50057464 0.50049491 0.50058502
0.49993888 0.49999225 0.49941118 0.49959321 0.50049813 0.50062439 0.50054859
0.50100501 0.50107215 0.49999538 0.50028318 0.50052636 0.50042154 0.50044409
0.50049902 0.50049526 0.4999987 0.4999205 0.50035989 0.50024596 0.50020299
0.5001435 0.50006338 0.49999926 0.49996017 0.50017791 0.5001548 0.50017397
0.50009072 0.50004057 0.49999875 0.50000425 0.50046308 0.50046066 0.50059627
0.49995016 0.50004745 0.499177 0.49907509 0.50026593 0.50018547 0.50015502
0.50055341 0.50047726 0.49999856 0.50014116 0.50025657 0.50028526 0.50020624
0.50045895 0.5004191 0.49999957 0.50048557 0.500311 0.50039287 0.50033015
0.50077521 0.50069712 0.49999777 0.50006397 0.50030001 0.50033105 0.50029139
0.5000031 0.49997521 0.49965745 0.49943978 0.50018407 0.4998656 0.49977361
0.50027239 0.50021373 0.49999945 0.5004268 0.5001096 0.49989828 0.50004256
0.50003337 0.50004132 0.4999177 0.49979565 0.50019766 0.50023264 0.50013589
0.50035891 0.50031288 0.49999941 0.50007948 0.50019742 0.50022202 0.50025759
0.50003675 0.50007735 0.49999869 0.50013593 0.50062461 0.50048221 0.50046413
0.50008891 0.50001298 0.49967727 0.49989978 0.5010638 0.50077961 0.50017017
0.4999921 0.50008221 0.49960687 0.4997475 0.50010692 0.49989845 0.49992292
             
0.50024701 0.50024424 0.49985731 0.49995276 0.50037039 0.50032394 0.50021828


fff45[2] fff45[3] fff45[k45-1] fff44[1] fffca[0] fffca[1] fffcd[kcd-1]
0.49996633 0.50006436 0.49985917 0.49999931 0.50031605 0.4999993 0.49987055
0.50011105 0.50011398 0.4998191 0.49999947 0.50032817 0.49999965 0.49999359
0.49968582 0.49997216 0.50023153 0.49978231 0.5004906 0.49999881 0.49996756
0.49987465 0.500059 0.50129321 0.49999691 0.50086156 0.49842741 0.50007455
0.50008382 0.50001283 0.50006541 0.49999911 0.49981409 0.49982699 0.50002393
0.49992609 0.50018966 0.50007258 0.49999721 0.50065531 0.49999682 0.49999379
0.50018118 0.50008648 0.50002576 0.49999857 0.50056506 0.49999847 0.49973498
0.50007352 0.50012303 0.49905665 0.49899029 0.50032759 0.49999907 0.49994671
0.49989926 0.5000607 0.50010489 0.49972002 0.50052037 0.49999837 0.50007799
0.50002909 0.49999735 0.4999068 0.49999954 0.50027719 0.49999961 0.4998546
0.50014378 0.50009536 0.49960663 0.49999886 0.50043137 0.49999898 0.49989525
0.50018819 0.49993146 0.49941147 0.49999964 0.50018834 0.4999994 0.49987623
0.49986169 0.49991328 0.49982653 0.49999725 0.5004574 0.49999766 0.49937213
0.50002925 0.50006435 0.50004791 0.499999 0.50031794 0.499999 0.49986168
0.50001201 0.50000082 0.49998205 0.49999957 0.50060691 0.49999949 0.4998989
0.49999527 0.50003528 0.50003613 0.49999965 0.5001794 0.49999907 0.50048386
0.50002863 0.50007962 0.50004981 0.49999939 0.50045939 0.49999928 0.49949244
0.50013691 0.49979306 0.50028974 0.49957603 0.50033612 0.49999838 0.49984085
0.49999836 0.50002775 0.50004129 0.49999875 0.50075727 0.49999904 0.50000007
0.50000969 0.50005036 0.50002828 0.49999971 0.50012856 0.4999996 0.49994021
             
0.50001173 0.50003354 0.49998775 0.49990253 0.50040094 0.49991172 0.49990999



fffcd[kcd-2] fff13[0] fff13[1] fff13[k13-2] fff13[k13-1] fff11[0] fff11[3]
0.49999922 0.5004933 0.4999993 0.49998591 0.50007549 0.50029879 0.49999936
0.49999949 0.50028044 0.49999957 0.49988437 0.49990008 0.50031679 0.49999942
0.49953307 0.50026401 0.50277956 0.50009305 0.50016632 0.50049142 0.49999851
0.49999643 0.50006157 0.49999612 0.50019271 0.50027622 0.50083577 0.4999971
0.49999925 0.50043567 0.49999919 0.49994416 0.49987041 0.49982186 0.49999921
0.49999677 0.50091405 0.49999645 0.49979665 0.49977624 0.50061919 0.49999585
0.4999988 0.50068305 0.49999839 0.50012808 0.50011691 0.50052059 0.49999862
0.49999934 0.50048616 0.49999903 0.49999819 0.50008455 0.50031137 0.49999924
0.49964084 0.50062664 0.49999829 0.50011285 0.50001105 0.50050133 0.49999894
0.4999996 0.50032619 0.49999958 0.50006047 0.50002944 0.50026452 0.49999939
0.49999871 0.50045614 0.49999904 0.49998842 0.50001623 0.50039865 0.49999888
0.49999957 0.49994903 0.49999958 0.50005089 0.50003174 0.50017595 0.49999954
0.49999704 0.50084742 0.49999696 0.50023996 0.49994657 0.50044015 0.49999774
0.4999993 0.49987357 0.49999902 0.50003703 0.50003293 0.50029987 0.49999911
0.49999948 0.50043561 0.49999963 0.50019062 0.50023792 0.50060331 0.49999959
0.49999957 0.50000763 0.49999968 0.49998734 0.49997155 0.50016754 0.49999964
0.49999924 0.50028011 0.49999907 0.49993145 0.50002786 0.50044911 0.49999929
0.49975496 0.49999903 0.49999848 0.50003359 0.50009362 0.50031033 0.49999806
0.49999892 0.50050408 0.4999991 0.49956865 0.49979302 0.50073476 0.4999992
0.49999963 0.50023114 0.49999969 0.49998138 0.50000761 0.50011775 0.49999955
             
0.49994546 0.50035774 0.50013779 0.50001029 0.50002329 0.50038395 0.49999881



fff11[k11-1] fff14[0] fff14[1] fff14[k14-2] 迭代次数
0.49971593 0.50000549 0.5000339 0.49999936 44108166
0.49998395 0.50001542 0.50001887 0.49999949 66937874
0.50005091 0.50044628 0.50063103 0.49999817 18384926
0.50085759 0.50016079 0.49975235 0.49965013 9723685
0.49997969 0.49989575 0.49987961 0.49999911 36257843
0.49926504 0.49992108 0.50012411 0.49999741 8300326
0.49987796 0.50003816 0.50012632 0.49999885 19494573
0.49992699 0.50010562 0.4999931 0.49999901 35411263
0.50061301 0.50056219 0.50057442 0.49999868 22619520
0.49979945 0.50005131 0.4999224 0.4999995 56931165
0.49966922 0.50011232 0.50007893 0.49999869 25758383
0.50002018 0.49967318 0.49976008 0.49962138 59195356
0.49928664 0.50022612 0.50014007 0.4999968 12364981
0.49986298 0.4994961 0.49971089 0.49944753 34545786
0.49990148 0.50001138 0.50004109 0.49999966 67322789
0.50033006 0.50006437 0.49985019 0.49988136 83398458
0.49986927 0.5006338 0.50056939 0.49999942 39325217
0.50042237 0.49998445 0.50011196 0.49948588 17928160
0.50003741 0.49998486 0.49998489 0.4999992 29406931
0.49983431 0.50001848 0.50000822 0.49999971 89129362
         
0.49996522 0.50007036 0.50006559 0.49990347 38827238.2


阅读更多 登录后自动展开
想对作者说点什么? 我来说一句

没有更多推荐了,返回首页