Vamb 项目使用教程

Vamb 项目使用教程

vamb Variational autoencoder for metagenomic binning 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/va/vamb

1. 项目的目录结构及介绍

Vamb 项目的目录结构如下：

vamb/
├── doc/
├── src/
├── test/
├── vamb/
├── workflow_avamb/
├── git-blame-ignore-revs
├── gitignore
├── readthedocs.yaml
├── CHANGELOG.md
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── pyproject.toml
├── setup.cfg
└── setup.py

目录介绍：

• doc/: 包含项目的文档文件。
• src/: 包含项目的源代码文件。
• test/: 包含项目的测试代码文件。
• vamb/: 包含 Vamb 项目的主要代码文件。
• workflow_avamb/: 包含 Avamb 工作流的代码文件。
• git-blame-ignore-revs: Git 忽略修订的配置文件。
• gitignore: Git 忽略文件的配置文件。
• readthedocs.yaml: ReadTheDocs 配置文件。
• CHANGELOG.md: 项目变更日志文件。
• CONTRIBUTING.md: 项目贡献指南文件。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• MANIFEST.in: 项目清单文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明文件。
• pyproject.toml: Python 项目配置文件。
• setup.cfg: 项目安装配置文件。
• setup.py: 项目安装脚本文件。

2. 项目的启动文件介绍

Vamb 项目的启动文件是 setup.py。这个文件用于安装和配置项目。通过运行以下命令可以安装 Vamb：

pip install .

或者，如果你想要安装最新版本，可以使用以下命令：

pip install git+https://github.com/RasmussenLab/vamb.git

3. 项目的配置文件介绍

Vamb 项目的配置文件主要包括以下几个：

• setup.cfg: 这个文件包含了项目的安装配置信息，如包的元数据、依赖项等。
• pyproject.toml: 这个文件定义了项目的构建系统和其他配置信息。
• readthedocs.yaml: 这个文件用于配置 ReadTheDocs 文档构建。

setup.cfg 示例：

[metadata]
name = vamb
version = 4.1.3
description = Variational autoencoder for metagenomic binning
author = RasmussenLab
license = MIT

[options]
packages = find:
install_requires =
    numpy
    scipy
    torch
    pandas

pyproject.toml 示例：

[build-system]
requires = ["setuptools>=42", "wheel"]
build-backend = "setuptools.build_meta"

[project]
name = "vamb"
version = "4.1.3"
description = "Variational autoencoder for metagenomic binning"
authors = [
    { name="RasmussenLab" }
]
license = { file="LICENSE" }
dependencies = [
    "numpy",
    "scipy",
    "torch",
    "pandas"
]

通过这些配置文件，你可以轻松地安装和配置 Vamb 项目，并根据需要进行自定义设置。

vamb Variational autoencoder for metagenomic binning 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/va/vamb