【代码】R: 计算中位数和IQR。
2024-10-25 15:45:07
111
【代码】小坑：linux cat两个fasta文件时，没有分行导致失败。
2024-10-17 13:04:39
133
保存图片是个问题，我试了一下，export出html文件，然后到网页截图会比较清楚。
2024-10-16 10:17:55
366
【代码】3个病毒注释软件的结果筛选和合并（python代码）
2024-10-14 20:09:51
125
【代码】根据注释软件结果从ICTV中获取物种完整注释（python代码）
2024-10-14 14:51:51
175
【代码】自己留的代码（多数据库otu新颖性）
2024-10-10 15:23:52
89
前两期： grep -c ">" filename。
2024-10-06 15:22:26
215
细胞周期控制，细胞分裂，染色体分离。次级代谢产物的生物合成，转运和分解。翻译后修饰，蛋白质降解，分子伴侣。细胞内运输，分泌，和囊泡转运。可动基因组：原噬菌体，转座子。翻译，核糖体结构和生物发生。细胞壁/膜/包膜生物发生。碳水化合物转运和代谢。
2024-07-20 21:13:29
332
statswrapper.sh是来源于bbmap的一个工具，bbmap的安装可见。statswrapper.sh工具可对多个数据同时进行运算。
2024-07-11 09:56:26
265
Swissprot数据库下载可见。pfam-A数据库下载可见。
2024-07-09 14:40:34
325
【代码】Trinity：转录组从头组装。
2024-07-08 16:52:07
305
用mamba时，出现报错。
2024-07-08 16:39:01
277
【代码】eggNOG-mapper：功能注释集大成者。
2024-07-06 16:23:23
424
下载的数据库，解压之后是一个很多hmm文件的文件夹，不便于注释。
2024-07-06 14:02:07
230
bash代码：批量查找目标文件夹下的某个文件是否无内容，如果是，则删掉整个文件夹。
2024-06-18 22:52:32
131
【代码】忍无可忍之 blastn 比对结果 outfmt 6 格式。
2024-06-18 12:53:42
616
参照大佬的尝试一下在下面网站看最新的安装包。
2024-06-18 11:02:45
315
【代码】EukRep：区分真核和原核序列。
2024-05-31 19:02:52
201
instrain
2024-05-29 14:48:23
516
2
有两种方法，1-1.使用所有contig.fa构建一个训练集 1-2.在所有contig.fa中选择一些，进行构建训练集。2.对每个contig.fa生成特征（data.csv/data_split.csv文件）这里也有两种方法，一个是多样本模式（可用于一个动物的N个重复），一个是单样本模式。单样本（简单一点，我选择用这个，免得出错哈哈）3.训练自监督（我选了18个）
2024-05-29 10:31:00
348
【代码】busco，checkM2：基因组或MAG完整度分析。
2024-05-27 18:55:15
520
【代码】metaMIC：无参考错误组装识别和校正宏基因组组装。
2024-05-24 18:33:48
346
写了个代码来处理结果。
2024-05-13 20:00:11
232
【代码】CRISPRCasFinder：注释基因组序列中的CRISPR-Cas。
2024-05-13 15:12:56
367
参考。
2024-05-12 09:07:57
869
之前一直用的是muscle，看到一个文章使用了Kalign，尝试一下吧。
2024-05-06 22:41:33
342
【代码】Ubuntu： 自留小技巧。
2024-04-26 19:53:51
325
names.dmp nodes.dmp文件可以在Kraken2的文件里面找到。我用的是IMG/VR4的蛋白数据库，费了好大劲吧蛋白id和taxid联系起来。
2024-04-26 10:44:59
520
13
【代码】PhaGCN2：病毒聚类。
2024-04-25 13:32:19
542
【代码】vcontact2：病毒聚类（失败）
2024-04-24 22:42:39
760
1
【代码】R: 阿尔法α多样性计算和箱图制作，以及差异分析。
2024-04-21 21:40:18
2697
超详细的教程可见这个！
2024-04-14 18:32:42
431
输入文件实例（存为csv格式）
2024-04-13 22:18:08
438
【代码】VirusTaxo：病毒物种注释。
2024-04-10 19:42:23
468
【代码】Replidec：使用朴素贝叶斯分类器从宏基因组数据中识别病毒生命周期。
2024-03-23 17:14:39
191
【代码】iPHoP：病毒宿主预测。
2024-03-22 21:02:34
562
【代码】病毒物种注释：多方案。
2024-03-17 19:36:51
563
【代码】R：简易的Circos图。
2024-03-17 09:20:25
467
【代码】计算基因组GC含量（每10kb）
2024-03-17 09:07:29
409
【代码】DeePhage：预测噬菌体的生活方式。
2024-03-15 22:20:36
701
RSS订阅