ADAM 开源项目教程

ADAM 开源项目教程

adam ADAM is a genomics analysis platform with specialized file formats built using Apache Avro, Apache Spark, and Apache Parquet. Apache 2 licensed. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ad/adam

1. 项目介绍

ADAM 是一个基因组分析平台，专门设计用于在集群/云计算环境中并行化基因组数据分析。它使用 Apache Avro、Apache Spark 和 Apache Parquet 构建，并采用 Apache 2 许可证。ADAM 提供了一套模式来描述基因组序列、读取、变异/基因型和特征，并且可以与 SAM/BAM/CRAM、BED/GFF3/GTF 和 VCF 等传统基因组文件格式以及 Apache Parquet 列式存储格式一起使用。

ADAM 的主要优势在于其能够利用 Apache Spark 的高性能内存集群计算功能，确保基于数据并行性的高效和容错分布，而无需传统分布式方法中所需的中间磁盘操作。

2. 项目快速启动

安装 ADAM

通过 Conda 安装

ADAM 可以通过 Bioconda 安装：

$ conda install adam

通过 Homebrew 安装

ADAM 也可以通过 Homebrew 安装：

$ brew install brewsci/bio/adam

通过 Docker 安装

ADAM 还可以通过 Docker 安装：

$ docker pull quay.io/biocontainers/adam:[tag]

请在 tag 搜索页面 查找合适的 [tag]。

从源码构建

如果你需要从源码构建 ADAM，请确保你已经安装了 Apache Maven 3.3.9 或更高版本：

$ git clone https://github.com/bigdatagenomics/adam.git
$ cd adam
$ mvn install

安装 Spark

你需要在系统上安装 Spark 并设置 $SPARK_HOME 环境变量指向 Spark 的安装路径。可以从 Spark 的官方网站下载预构建的二进制文件。ADAM 版本 0.37.0 及以上需要 Spark 3.2.0 或更高版本。

3. 应用案例和最佳实践

ADAM 在基因组数据分析中具有广泛的应用，特别是在需要大规模并行处理的情况下。以下是一些应用案例和最佳实践：

案例 1：基因组数据预处理

使用 ADAM 对基因组数据进行预处理，包括质量控制、映射和变异检测。ADAM 的高性能和并行处理能力使得这些任务可以在大规模集群上高效执行。

案例 2：交互式数据分析

ADAM 结合 Apache Spark 的交互式数据分析功能，可以在 Jupyter 或 Zeppelin 等分析笔记本中进行实时基因组数据分析。这使得研究人员可以快速探索和可视化基因组数据。

最佳实践

• 数据并行性：充分利用 ADAM 的数据并行性，将大规模基因组数据分布在多个节点上进行处理。
• 内存管理：在集群环境中，合理管理内存使用，避免内存溢出问题。
• 容错处理：利用 Spark 的容错机制，确保在节点故障时任务能够自动恢复。

4. 典型生态项目

ADAM 构建在 Apache Spark、Apache Avro 和 Apache Parquet 等开源项目之上，并且有许多工具和项目扩展了 ADAM 的核心 API。以下是一些典型的生态项目：

Avocado

Avocado 是一个基于 ADAM 的分布式变异检测工具，支持体细胞和种系变异检测。

Cannoli

Cannoli 提供了生物信息学工具（如 BWA、bowtie2、FreeBayes）的 ADAM Pipe API 包装器。

DECA

DECA 是 XHMM 拷贝数变异检测工具在 ADAM 上的重新实现。

Gnocchi

Gnocchi 提供了在 ADAM 上运行 GWAS/eQTL 测试的原始数据。

Mango

Mango 是一个用于可视化大规模基因组数据的库，具有交互式延迟。

这些项目展示了 ADAM 在基因组数据分析中的广泛应用和强大功能。

adam ADAM is a genomics analysis platform with specialized file formats built using Apache Avro, Apache Spark, and Apache Parquet. Apache 2 licensed. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ad/adam