pan-genome-analysis 项目使用指南

pan-genome-analysis 项目使用指南

pan-genome-analysis Processing pipeline for pan-genome visulization and exploration 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/pan-genome-analysis

1. 项目介绍

pan-genome-analysis 是一个用于微生物泛基因组分析、可视化和探索的开源软件包。该项目基于 DIAMOND、MCL 和 phylogeny-aware 后处理技术，能够处理一组注释的细菌菌株（如 NCBI RefSeq 记录或用户自己的 GenBank 格式数据）。所有菌株的基因通过 DIAMOND 进行相互比较，然后使用 MCL 和自适应的系统发育后处理技术进行聚类，以识别远缘相关基因和旁系同源基因。每个基因簇的对应比对和系统发育树被构建，所有核心基因 SNP 用于构建菌株/物种系统发育树。结果可以通过一个强大的基于 Web 的可视化应用程序进行交互式探索。

2. 项目快速启动

2.1 克隆项目

首先，克隆 pan-genome-analysis 项目到本地：

git clone https://github.com/neherlab/pan-genome-analysis.git
cd pan-genome-analysis

2.2 安装依赖

使用 Conda 安装所需的软件和 Python 包：

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH
conda env create -f panX-environment.yml
source activate panX

2.3 运行测试集

运行测试集以验证安装是否成功：

sh run-TestSet.sh

测试集的结果可以在 data/TestSet 目录下找到。

3. 应用案例和最佳实践

3.1 应用案例

pan-genome-analysis 可以用于分析和可视化不同菌株的泛基因组。例如，可以使用该项目来分析 Mycoplasma genitalium 的四个基因组，并生成相应的基因簇、比对和系统发育树。

3.2 最佳实践

• 数据准备：确保输入数据为 GenBank 格式，并放置在 data/ 目录下的子文件夹中。
• 参数调整：根据数据集的大小和复杂性，调整 panX.py 的参数，如核心基因阈值、DIAMOND 的子集大小等。
• 结果分析：使用项目提供的 Web 可视化工具，交互式地探索分析结果，包括基因簇、比对、系统发育树和元数据。

4. 典型生态项目

pan-genome-analysis 在微生物学研究中具有广泛的应用，特别是在以下领域：

• 微生物多样性研究：通过分析不同菌株的泛基因组，揭示微生物的遗传多样性和进化关系。
• 抗生素抗性基因研究：识别与抗生素抗性相关的基因簇，帮助理解抗性机制和开发新的治疗方法。
• 病原体研究：分析病原体的泛基因组，了解其致病机制和适应性进化。

通过这些应用，pan-genome-analysis 为微生物学研究提供了强大的工具，帮助研究人员更好地理解和利用微生物的遗传资源。

pan-genome-analysis Processing pipeline for pan-genome visulization and exploration 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/pan-genome-analysis