MIMIC-Extract 项目使用教程

MIMIC-Extract 项目使用教程

MIMIC_Extract MIMIC-Extract:A Data Extraction, Preprocessing, and Representation Pipeline for MIMIC-III 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/MIMIC_Extract

1. 项目的目录结构及介绍

MIMIC-Extract 项目的目录结构如下：

MIMIC_Extract/
├── Data/
├── Notebooks/
├── Resources/
├── Utils/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── datapackage_io_util.py
├── heuristic_sentence_splitter.py
├── mimic_direct_extract.py
├── mimic_extract_env_py36.yml
├── mimic_querier.py
└── postgres_make_extended_concepts.sh

目录介绍：

• Data/: 本地存储待提取的数据。
• Notebooks/: 包含 Jupyter Notebooks，用于演示测试用例和在风险和干预预测任务中使用输出数据的示例。
• Resources/: 包含 Rohit_itemid.txt 文件，描述 MIMIC-III 和 MIMIC II 项目 ID 之间的相关性；itemid_to_variable_map.csv 文件，用于数据提取的主要文件，包含项目 ID 的分组以及哪些项目 ID 已准备好提取；variable_ranges.csv 文件，描述正常变量范围，协助提取适当的数据。
• Utils/: 包含运行 MIMIC-Extract 数据管道的脚本和详细说明。
• .gitignore: Git 忽略文件。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文件。
• datapackage_io_util.py: 数据包 I/O 工具脚本。
• heuristic_sentence_splitter.py: 启发式句子分割器脚本。
• mimic_direct_extract.py: 数据提取脚本。
• mimic_extract_env_py36.yml: 项目环境配置文件。
• mimic_querier.py: MIMIC 查询器脚本。
• postgres_make_extended_concepts.sh: 用于构建扩展概念视图的脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 mimic_direct_extract.py。该文件是 MIMIC-Extract 数据提取的主要脚本，负责从 MIMIC-III 数据库中提取数据并进行预处理。

使用方法：

python mimic_direct_extract.py --args

其中 --args 是可选参数，用于指定提取的参数和配置。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 mimic_extract_env_py36.yml。该文件定义了项目运行所需的环境配置，包括 Python 版本、依赖包等。

使用方法：

conda env create --force -f mimic_extract_env_py36.yml
conda activate mimic_data_extraction

以上命令将根据 mimic_extract_env_py36.yml 文件创建并激活一个新的 Conda 环境，确保项目所需的依赖包和 Python 版本正确安装。

MIMIC_Extract MIMIC-Extract:A Data Extraction, Preprocessing, and Representation Pipeline for MIMIC-III 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/MIMIC_Extract