MIMIC-III：MIMIC_Extract代码实例数据预处理

github原址：https://github.com/MLforHealth/MIMIC_Extract
在做了前期的环境配置和相关函数生成文件之后，运行

python mimic_direct_extract.py 

会报错，主要的报错原因如下：

1. 我是在实验室服务器上运行的，这个连接psql数据库的时候默认端口是5432，也没有可以设置的地方，要自己根据原本函数的结构加一个自己的port上去。
2. 如果报找不到icustays关系之类的错，官方的代码反馈区有写，是因为sql的路径是mimiciii，但是也要用到公共路径public，详细的解决方案原址在此：https://github.com/MLforHealth/MIMIC_Extract/issues/18
3. 如果是连接数据库和SSL之类的出问题，应该要把各种配置文件中各个监听端口设置为所有IP可连接，具体可参考https://blog.csdn.net/qq_31489933/article/details/94871050

能够运行成功的话目前是这样的

应该需要挺久的，毕竟官方是这么说的

等数据跑完了再继续更新
第二天的更新：
发现报错了

原因是实际上 MIMIC-Extract 中还包含了 CCS 的表，而原始的 mimic 数据中是不包含这两个表的，因此，我们需要自己创建这两个表。
参考网址：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/348750896

那么补充了ccs的表格之后，在 mimiciii schema 中创建了 45 个表格，这些表格主要是根据 mimic 提供的数据创建，在 public schema 中创建了 52 个表格，这些表格都是从 mimic 中提取出来的 concept。数据库中已经包含了我们需要的所有表格。

然后根据这个上面这个知乎的参考更改了一些pandas的API然后开始跑第二次。出结果了再更新。
finished。