MNE-Python 开源项目教程

MNE-Python 开源项目教程

mne-pythonMNE: Magnetoencephalography (MEG) and Electroencephalography (EEG) in Python项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mn/mne-python

项目介绍

MNE-Python 是一个用于探索、可视化和分析人类神经生理数据的开放源代码 Python 包，支持多种数据类型，如 MEG、EEG、sEEG、ECoG 等。它包含数据输入/输出、预处理、可视化、源估计、时频分析、连接性分析、机器学习、统计等多个模块。

项目快速启动

安装

要安装 MNE-Python 的最新稳定版本，请在终端中使用 pip：

pip install --upgrade mne

基本使用

以下是一个简单的示例，展示如何加载和可视化 EEG 数据：

import mne
from mne.datasets import sample

# 加载示例数据
data_path = sample.data_path()
raw_fname = data_path + '/MEG/sample/sample_audvis_raw.fif'

# 读取数据
raw = mne.io.read_raw_fif(raw_fname)

# 绘制数据
raw.plot()

应用案例和最佳实践

数据预处理

在分析之前，通常需要对数据进行预处理，例如滤波和去噪：

# 应用带通滤波
raw.filter(1, 40)

# 去除眼电伪迹
eog_events = mne.preprocessing.find_eog_events(raw)
n_blinks = len(eog_events)
eyemask = (np.zeros(raw.n_times, dtype=bool))
for l in eog_events[:, 0]:
    eyemask[l - int(round(0.25 * raw.info['sfreq'])):l + int(round(0.25 * raw.info['sfreq']))] = True
raw.plot(events=eog_events, event_color={1: 'r'}, mask=eyemask, mask_style='mask')

源估计

源估计是神经成像中的一个关键步骤，MNE-Python 提供了多种方法来进行源估计：

# 计算源空间
src = mne.setup_source_space(subject='sample', spacing='oct6', subjects_dir=data_path + '/subjects')

# 计算正向解
fwd = mne.make_forward_solution(raw.info, trans=data_path + '/MEG/sample/sample_audvis_raw-trans.fif', src=src, bem=bem, meg=True, eeg=True, mindist=5.0)

# 计算逆解
inv_op = mne.minimum_norm.make_inverse_operator(raw.info, fwd, cov, loose=0.2, depth=0.8)
stc = mne.minimum_norm.apply_inverse_raw(raw, inv_op, lambda2=1.0 / 9.0, method='dSPM')

典型生态项目

EEGLAB

EEGLAB 是一个 MATLAB 工具箱，用于处理和分析 EEG 数据。MNE-Python 可以与 EEGLAB 数据格式相互转换，从而实现跨平台的分析：

# 从 EEGLAB .set 文件加载数据
raw = mne.io.read_raw_eeglab(input_fname)

NeuroKit

NeuroKit 是一个用于心电图和生理信号处理的 Python 库。它可以与 MNE-Python 结合使用，进行更全面的生理信号分析：

import neurokit2 as nk

# 处理 ECG 数据
ecg_signal = raw.get_data('ECG001')
signals, info = nk.ecg_process(ecg_signal, sampling_rate=raw.info['sfreq'])

通过这些模块和示例，您可以开始使用 MNE-Python 进行高级的神经生理数据分析。

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