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RSS订阅原创 Linux下使用Freesurfer的两种方法
第二种方法是写成py文件，就不用每次都在终端输入大串代码了，会更加方便。最后在安装了freesurfer用户名下的终端运行。放在其他地方可能会因为没有权限而运行失败。注意：不要在代码中写中文注释，可能会出错。然后就开始运行了，过程可能需要几个小时。在终端中输入以下代码。
2023-06-09 19:33:51
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原创 3Dslicer生成的json文件导入Excel
打开Excel，如果是2013版本的需要另外安装插件，新一点的版本可以直接使用。3Dslicer里面的控制点如何导出来位置信息，从json文件导入Excel。如果步骤选错了，可以在右边应用的步骤部分点击删除，重新选择正确的即可。点击column1右边的按键，选择label和位置信息。从数据里面选择从json文件导入，选择要导入的文件。接下来选择中间列，右边的按键，点击提取值。弹出来的窗口第一行自定义部分，选择制表符。选择中间列，菜单上找到拆分，选择分隔符。选择“无”后确认，会变成下面这样。
2023-06-08 10:51:54
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原创 pycharm 进行Git关联和取消
菜单下点击VCS选择Creat Git如果是对当前文件夹关联直接点击OK，别的文件夹选择路径即可然后所有的文件变成了红色，并且之前的VCS变成了Git，就是关联好了然后就可以进行导入GitHub里的项目了。
2023-06-07 17:53:37
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原创 使用SPM12将DICOM格式转为nii格式文件
在matlab打开SPM文件，在命令行窗口直接输入spm，回车键，即可打开。转换 ct 需要全部扫描影像全选，后会显示在下面所示位置，最后点击Done即可。打开后选择fMRI（选PET/VBM也行）进去后SPM界面如下。先点击1 DICOM import，会弹出右边的窗口。双击2，弹出窗口导入需要转换的DICOM文件。设置好后最开始的页面会显示，最后点运行图标。运行好后matlab界面会显示完成。双击3，选择输出的文件夹。
2023-04-03 14:21:29
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原创 使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（详细版）
1、安装好matlab和freesurfer2、在目标位置创建文件夹3、开放权限4、将需要计算的nii文件放入文件夹。
2022-11-23 19:40:27
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原创 MNE-python 进行源定位教程（一）配置环境
根据MNE官网提供的教程进行复现，遇到各种问题的记录。配置环境 python3.8 + Anaconda + pycharmMNE-Python 是一个开源 Python 模块，用于处理、分析和可视化功能性神经影像数据（EEG、MEG、sEEG、ECoG 和 fNIRS）。根据官方建议，将MNE-python安装在anaconda的虚拟环境中。1. 安装Anaconda过程点击这里2. 配置pycharm2.1 导入MNE-python工具包在pycharm的菜单栏里打开VCS-Create
2022-03-14 15:06:25
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原创 MNE-python 进行源定位教程（二）dataset下载问题
直接用官方的下载非常慢，且容易出错，不能下载到自己想保存的位置这里的解决办法是先自己下载好数据，然后导入文件夹名称为MNE-sample-data，内容是这些获取方式如下：链接：https://pan.baidu.com/s/1UjasK_ZqS8NbPaiyiesUyA提取码：5q1g我这里下载的目录是 D:/code/data/MNE/在pycharm控制台输入import mnemne.datasets.sample.data_path(r'D:/code/data/MNE/')
2022-03-10 11:57:30
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原创 安装annacoda遇到 ProxyError: Conda cannot proceed due to an error in your proxy configuration
在安装时遇到了如下问题Collecting package metadata (current_repodata.json): failedProxyError: Conda cannot proceed due to an error in your proxy configuration.Check for typos and other configuration errors in any '.netrc' file in your home directory,any environme
2022-03-07 12:15:22
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原创 Python使用支持向量机（SVM）方法对UCI 乳腺癌诊断数据集二分类任务
**数据集：**本文数据来自UCI repository美国威斯康星州的乳腺癌诊断数据集，实验所用的编译环境为python3.6，主要引用numpy、sklearn、pandas、matplotlib等库。**涉及到的方法：**机器学习SVM，混淆矩阵，选择核函数，调参加载数据集# 加载数据path = 'D:/code/breast_cancer/wdbc.data'names = ['ID number', 'Diagnosis', 'M_radius', 'M_textu
2022-02-11 18:02:52
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原创 快速解决PyQt安装失败或复杂的问题
想要使用pycharm里pyqtgraph库的功能，安装后显示缺少pyqt5，但是直接使用pip安装pyqt失败。发现大多数安装pyqt5的教程都很复杂。使用conda环境下进行安装非常轻松，一个命令就搞定了。https://blog.csdn.net/qianyunzzz/article/details/122489967?spm=1001.2014.3001.5501这里有介绍如何配置miniconda环境在开始菜单打开Anaconda Prompt可以输入：conda env list
2022-01-14 11:50:34
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原创 Miniconda3 + pycharm 环境配置 快速上手实用教程
1. Miniconda3 安装下载链接：https://conda.io/miniconda.html可以选择Windows、mac、Linux环境，这里以Windows为例，选择python3.7版本，点击下载即可双击运行下载的可执行文件如果电脑中未安装python，想将conda带的python安装为电脑默认的python，则在下一步中可钩选添加到”PATH“环境变量更推荐的做法是不钩选，然后真想在cmd中使用时，到开始菜单中启动”Anaconda Prompt“，Anaconda
2022-01-14 11:38:23
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原创 关于Win10找不到Microsoft Store
关于Win10找不到Microsoft Store1、首先查看下开始>>设置>>应用>> 查看下是否有microsoft store；2、通过开始>>设置>>更新和安全>>查看一下是否有Windows更新；3、如果以上都没有的话，在打开的“管理员：Windows Powershell”窗口中输入以下命令：get-appxpackage store | remove-Appxpackage再次安装：add-appxpacka
2021-09-16 15:19:15
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原创 读书笔记之-Analyzing Neural Time Series Data 1、2
读书笔记之-Analyzing Neural Time Series Data 1第一章新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入第一章你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习
2021-08-24 16:44:45
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空空如也
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