DeepSqueak 开源项目教程

DeepSqueak 开源项目教程

DeepSqueakDeepSqueak v3: Using Machine Vision to Accelerate Bioacoustics Research项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/de/DeepSqueak

项目介绍

DeepSqueak 是一个基于深度学习的系统，用于检测和分析超声波发声（USV）。该项目由 Ruby Marx、Kevin Coffey、Robert Ciszek 和 Leonardo Lara-Valderrábano 开发，旨在通过机器视觉加速生物声学研究。DeepSqueak 能够减少误报、提高检测召回率、大幅减少分析时间、优化自动音节分类，并执行对任意大量音节的自动语法分析，同时保持手动选择审查和监督分类。

项目快速启动

安装步骤

1. 克隆项目仓库：

   git clone https://github.com/DrCoffey/DeepSqueak.git
   

2. 安装依赖：

   • 确保已安装 MATLAB，因为 DeepSqueak 是基于 MATLAB 开发的。
   • 安装必要的 MATLAB 工具箱，如深度学习工具箱。

3. 启动 DeepSqueak：

   • 打开 MATLAB 并导航到 DeepSqueak 目录。
   • 运行 DeepSqueak.m 文件以启动应用程序。

基本使用

1. 加载音频文件：

   • 在 DeepSqueak 界面中，选择 File -> Load Audio 并选择要分析的音频文件。

2. 进行检测：

   • 使用预设的检测模型或自定义模型进行超声波发声检测。
   • 调整检测参数以优化结果。

3. 分析结果：

   • 查看检测到的超声波发声并进行分类。
   • 使用 Tools -> Call Classification -> Unsupervised Clustering 进行无监督聚类分析。

应用案例和最佳实践

应用案例

DeepSqueak 已被广泛应用于各种研究领域，包括神经科学、药理学和行为学。例如，研究人员使用 DeepSqueak 分析小鼠的超声波发声，以研究药物对行为的影响。

最佳实践

• 数据预处理：确保音频文件的质量，避免噪音干扰。
• 参数调整：根据具体研究需求调整检测和分类参数。
• 模型训练：对于特定物种或特定环境，可以训练自定义模型以提高检测准确性。

典型生态项目

DeepSqueak 作为一个开源项目，与其他生物声学和深度学习项目形成了良好的生态系统。以下是一些相关的生态项目：

• MATLAB 深度学习工具箱：提供深度学习模型的训练和部署工具。
• Audacity：一个开源的音频编辑软件，可用于音频预处理。
• TensorFlow：一个广泛使用的深度学习框架，可用于开发自定义模型。

通过这些项目的结合使用，可以进一步提高 DeepSqueak 的性能和应用范围。

DeepSqueakDeepSqueak v3: Using Machine Vision to Accelerate Bioacoustics Research项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/de/DeepSqueak