HLA-LA 开源项目使用教程

HLA-LA 开源项目使用教程

HLA-LAFast HLA type inference from whole-genome data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/hl/HLA-LA

1. 项目的目录结构及介绍

HLA-LA 项目的目录结构如下：

HLA-LA/
├── bin/
│   ├── HLA-LA.pl
│   └── ...
├── data/
│   ├── references/
│   └── ...
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── scripts/
│   └── ...
├── tests/
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
└── README.md

目录结构介绍

• bin/：包含项目的主要执行文件 HLA-LA.pl 以及其他辅助脚本。
• data/：存放参考数据文件，如 references/ 目录下可能包含各种参考基因组文件。
• docs/：项目文档，包括 README.md 等说明文件。
• scripts/：包含一些辅助脚本，用于项目的构建和测试。
• tests/：测试脚本和测试数据。
• .gitignore：Git 忽略文件列表。
• LICENSE：项目许可证文件。
• README.md：项目的主说明文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 bin/HLA-LA.pl。这个文件是 HLA-LA 项目的主要执行脚本，用于执行 HLA 类型推断。

启动文件介绍

• HLA-LA.pl：主要执行脚本，用于从全基因组数据中推断 HLA 类型。

使用示例：

./bin/HLA-LA.pl --BAM /path/to/indexed_bam --graph PRG_MHC_GRCh38_withIMGT --sampleID $mySampleID --maxThreads 7

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要是 paths.ini，该文件通常位于项目的根目录下，用于配置项目运行时所需的各种路径和参数。

配置文件介绍

• paths.ini：包含项目运行所需的各种路径配置，如参考基因组路径、工作目录等。

示例内容：

[Paths]
workingDir = /path/to/working_directory
referenceGenome = /path/to/reference_genome.fa
...

在运行项目前，需要确保 paths.ini 文件中的路径配置正确无误。

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以上是 HLA-LA 开源项目的使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。

HLA-LAFast HLA type inference from whole-genome data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/hl/HLA-LA