dotPlotly 项目使用教程

dotPlotly 项目使用教程

dotPlotlyGenerate an interactive dot plot from mummer or minimap alignments项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dotPlotly

1. 项目的目录结构及介绍

dotPlotly 项目的目录结构如下：

dotPlotly/
├── LICENSE
├── README.md
├── dotPlotly.R
├── shinyDotPlot.R
└── www/
    └── styles.css

目录结构介绍

• LICENSE: 项目的许可证文件，采用 MIT 许可证。
• README.md: 项目的基本介绍和使用说明。
• dotPlotly.R: 主脚本文件，用于生成点状图。
• shinyDotPlot.R: Shiny 应用文件，提供交互式点状图查看功能。
• www/: 包含静态资源文件的目录，如 CSS 样式文件。

2. 项目的启动文件介绍

dotPlotly.R

dotPlotly.R 是 dotPlotly 项目的主脚本文件，负责生成点状图。该文件主要包含以下功能：

• 解析命令行参数。
• 读取 mummer 或 minimap2 的比对结果文件。
• 过滤和处理比对数据。
• 生成静态的 PNG 和 PDF 图形输出。
• 支持交互式 Plotly 图形输出。

shinyDotPlot.R

shinyDotPlot.R 是 Shiny 应用的启动文件，提供了一个交互式界面来查看和测试点状图。该文件主要包含以下功能：

• 设置 Shiny 应用的界面布局。
• 处理用户输入和参数设置。
• 动态生成和显示点状图。

3. 项目的配置文件介绍

dotPlotly 项目没有显式的配置文件，所有的配置和参数设置都是通过命令行参数来完成的。在 dotPlotly.R 脚本中，使用 optparse 包来解析命令行参数，允许用户自定义输出和过滤条件。

命令行参数示例

Rscript dotPlotly.R -i input_file.coords -o output_directory -m 1000 -q 10000

• -i: 输入文件路径，通常是 mummer 的 show-coords 文件或 minimap2 的 PAF 文件。
• -o: 输出目录路径。
• -m: 最小比对长度阈值。
• -q: 最小查询长度阈值。

通过这些命令行参数，用户可以灵活地控制点状图的生成和过滤条件。

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