推荐开源项目：dotPlotly —— 交互式点状图绘制工具

推荐开源项目：dotPlotly —— 交互式点状图绘制工具

dotPlotlyGenerate an interactive dot plot from mummer or minimap alignments项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dotPlotly

1、项目介绍

dotPlotly 是一个基于 R 的脚本工具，专门用于从 mummer 或者 PAF 格式的比对结果中生成交互式的点状图。它不仅支持静态的 PNG 和 PDF 图形输出，还提供了一个 Shiny 应用，便于测试和查看可视化结果。这个项目由 Tom Poorten 创建并维护，旨在为生物信息学中的序列比对结果提供更直观且可互动的展示方式。

2、项目技术分析

dotPlotly 利用了三个关键的 R 包：optparse（命令行参数解析）、ggplot2（数据可视化）以及 plotly（交互式图形库）。通过这些工具，项目实现了以下功能：

• 处理 mummer 输出的 show-coords 文件或 minimap2 的 PAF 格式文件。
• 实时过滤与设定长度阈值不符合的查询和比对。
• 生成不同大小的图表，并可根据需要显示水平分隔线。
• 可选颜色编码以表示比对的相似度，或者仅计算目标区域的百分比识别率。
• 支持交互式 Plotly 图形，允许用户在浏览器中直接探索数据。

此外，项目提供了详细的命令行选项，方便用户自定义输出和过滤条件。

3、项目及技术应用场景

dotPlotly 主要应用于基因组对比和组装质量评估。它可以用来揭示两个或多个基因组之间的同源区域，帮助研究人员快速理解重叠、插入、缺失等变异情况。在生物信息学研究中，这种可视化工具对于数据解释和结果呈现极其有用。

例如，在比较两个菌株的差异时，dotPlotly 可以清晰地显示它们间的遗传相似性以及可能的重组事件。而在组装项目中，可以使用 dotPlotly 来评估重复区、组装片段的质量以及与参考基因组的对应关系。

4、项目特点

• 兼容性广：支持 mummer 和 minimap2 的比对输出格式，涵盖了多种常用的序列比对工具。
• 交互性强：提供 Plotly 交互式图形，让研究人员能动态探索比对数据。
• 自定义度高：通过命令行参数设置，可以自由控制过滤标准、图形单位、颜色编码等视觉效果。
• 易于集成：可以轻松将 dotPlotly 脚本整合到自动化工作流中，提高生物信息学分析的效率。

总之，无论你是生物信息学的新手还是经验丰富的专家，dotPlotly 都是一个值得尝试的强大工具，它将使你的基因组比对结果显示得更加直观、有趣。现在就试试看吧！

dotPlotlyGenerate an interactive dot plot from mummer or minimap alignments项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dotPlotly