SimpleNN 开源项目教程
SimpleNN项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/si/SimpleNN
项目介绍
SimpleNN 是一个用于构建神经网络原子间势能的开源软件包。它基于 Behler-Parrinello 类型的神经网络,可以从第一性原理数据中构建原子间势能。该软件包提供了一个与 LAMMPS 接口的模块,用于进行分子动力学模拟。
项目快速启动
安装
首先,克隆项目仓库到本地:
git clone https://github.com/ArtemOnigiri/SimpleNN.git
cd SimpleNN
安装所需的依赖项:
pip install -r requirements.txt
运行示例
以下是一个简单的示例,展示如何使用 SimpleNN 进行训练:
import simplenn
# 加载数据
data = simplenn.load_data('path/to/data')
# 定义模型
model = simplenn.Model()
# 训练模型
model.train(data)
应用案例和最佳实践
案例一:硅氧化合物模拟
在硅氧化合物模拟中,SimpleNN 可以用于构建原子间势能,从而进行分子动力学模拟。以下是一个具体的应用案例:
# 加载硅氧化合物数据
data = simplenn.load_data('path/to/SiO2_data')
# 定义模型
model = simplenn.Model(symmetry_functions='SiO2')
# 训练模型
model.train(data)
# 进行分子动力学模拟
sim = simplenn.Simulation(model)
sim.run('path/to/SiO2_structure', steps=1000)
最佳实践
- 数据预处理:确保输入数据的质量和完整性,这对于模型的训练至关重要。
- 参数调优:根据具体应用场景调整模型参数,以获得最佳性能。
- 并行计算:利用并行计算资源加速训练过程。
典型生态项目
LAMMPS 接口
SimpleNN 提供了一个与 LAMMPS 接口的模块,使得用户可以在 LAMMPS 中使用 SimpleNN 构建的势能进行分子动力学模拟。
数据处理工具
SimpleNN 生态系统中还包括一些数据处理工具,用于数据的预处理和后处理,提高数据的质量和可用性。
通过以上模块的介绍和示例,用户可以快速上手并应用 SimpleNN 进行原子间势能的构建和分子动力学模拟。