PhyloWGS 项目使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
PhyloWGS 项目的目录结构如下:
phylowgs/
├── alleles.py
├── cc.py
├── cnv_data.txt
├── data.py
├── evolve.py
├── mh.cpp
├── mh.hpp
├── multievolve.py
├── munge_results.py
├── node.py
├── params.py
├── posterior_trees.py
├── printo.py
├── redo_ids.py
├── requirements.txt
├── ssm_data.txt
├── standalone.cfg
├── README.md
├── LICENSE
└── ...
主要文件介绍:
alleles.py
: 处理等位基因数据的脚本。cc.py
: 核心计算模块。cnv_data.txt
: 拷贝数变异数据文件。data.py
: 数据处理模块。evolve.py
: 项目的主启动文件。mh.cpp
和mh.hpp
: Metropolis-Hastings 算法的 C++ 实现。multievolve.py
: 多样本进化分析脚本。munge_results.py
: 结果处理脚本。node.py
: 节点处理模块。params.py
: 参数处理模块。posterior_trees.py
: 后验树生成脚本。printo.py
: 输出处理脚本。redo_ids.py
: ID 重置脚本。requirements.txt
: 项目依赖文件。ssm_data.txt
: 单核苷酸变异数据文件。standalone.cfg
: 配置文件。README.md
: 项目说明文档。LICENSE
: 项目许可证。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件是 evolve.py
。该文件是 PhyloWGS 项目的主入口,负责启动整个分析流程。
使用方法:
python evolve.py
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件是 standalone.cfg
。该文件包含了项目的各种配置选项,如数据路径、参数设置等。
配置文件示例:
[Data]
ssm_data_file = ssm_data.txt
cnv_data_file = cnv_data.txt
[Parameters]
max_iterations = 1000
配置项说明:
ssm_data_file
: 单核苷酸变异数据文件路径。cnv_data_file
: 拷贝数变异数据文件路径。max_iterations
: 最大迭代次数。
通过修改 standalone.cfg
文件,可以调整项目的运行参数和数据输入路径。