PhyloWGS 项目使用教程

PhyloWGS 项目使用教程

phylowgsApplication for inferring subclonal composition and evolution from whole-genome sequencing data.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/phylowgs

1. 项目的目录结构及介绍

PhyloWGS 项目的目录结构如下：

phylowgs/
├── alleles.py
├── cc.py
├── cnv_data.txt
├── data.py
├── evolve.py
├── mh.cpp
├── mh.hpp
├── multievolve.py
├── munge_results.py
├── node.py
├── params.py
├── posterior_trees.py
├── printo.py
├── redo_ids.py
├── requirements.txt
├── ssm_data.txt
├── standalone.cfg
├── README.md
├── LICENSE
└── ...

主要文件介绍：

• alleles.py: 处理等位基因数据的脚本。
• cc.py: 核心计算模块。
• cnv_data.txt: 拷贝数变异数据文件。
• data.py: 数据处理模块。
• evolve.py: 项目的主启动文件。
• mh.cpp 和 mh.hpp: Metropolis-Hastings 算法的 C++ 实现。
• multievolve.py: 多样本进化分析脚本。
• munge_results.py: 结果处理脚本。
• node.py: 节点处理模块。
• params.py: 参数处理模块。
• posterior_trees.py: 后验树生成脚本。
• printo.py: 输出处理脚本。
• redo_ids.py: ID 重置脚本。
• requirements.txt: 项目依赖文件。
• ssm_data.txt: 单核苷酸变异数据文件。
• standalone.cfg: 配置文件。
• README.md: 项目说明文档。
• LICENSE: 项目许可证。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 evolve.py。该文件是 PhyloWGS 项目的主入口，负责启动整个分析流程。

使用方法：

python evolve.py

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 standalone.cfg。该文件包含了项目的各种配置选项，如数据路径、参数设置等。

配置文件示例：

[Data]
ssm_data_file = ssm_data.txt
cnv_data_file = cnv_data.txt

[Parameters]
max_iterations = 1000

配置项说明：

• ssm_data_file: 单核苷酸变异数据文件路径。
• cnv_data_file: 拷贝数变异数据文件路径。
• max_iterations: 最大迭代次数。

通过修改 standalone.cfg 文件，可以调整项目的运行参数和数据输入路径。

phylowgsApplication for inferring subclonal composition and evolution from whole-genome sequencing data.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/phylowgs