eflomal 开源项目教程

eflomal 开源项目教程

eflomalEfficient Low-Memory Aligner项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ef/eflomal

1. 项目的目录结构及介绍

eflomal/
├── 3rdparty/
│   └── python/
│       └── eflomal/
├── scripts/
├── testdata/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── Makefile
├── README.md
├── align.py
├── eflomal.c
├── hash.c
├── makepriors.py
├── mergefiles.py
├── natmap.c
├── random.c
├── setup.py
├── simd_math_prims.h

目录结构介绍

• 3rdparty/: 包含第三方依赖的Python包。
• scripts/: 包含项目使用的脚本文件。
• testdata/: 包含测试数据。
• .gitignore: Git忽略文件配置。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• Makefile: 项目构建文件。
• README.md: 项目说明文档。
• align.py: 项目的主要启动文件。
• eflomal.c: 项目的主要C语言源文件。
• hash.c: 哈希相关的C语言源文件。
• makepriors.py: 生成先验的Python脚本。
• mergefiles.py: 合并文件的Python脚本。
• natmap.c: 自然映射相关的C语言源文件。
• random.c: 随机数生成相关的C语言源文件。
• setup.py: 项目安装配置文件。
• simd_math_prims.h: SIMD数学原语的头文件。

2. 项目的启动文件介绍

align.py

align.py 是 eflomal 项目的主要启动文件。它提供了命令行接口，用于直接调用 eflomal 二进制文件，并进行预处理。

使用方法

python3 align.py --help

该命令将显示 align.py 的帮助信息，包括可用的选项和参数。

3. 项目的配置文件介绍

setup.py

setup.py 是 eflomal 项目的安装配置文件。它定义了项目的依赖项、元数据和安装过程。

使用方法

python -m pip install .

该命令将根据 setup.py 中的配置安装 eflomal 项目。

Makefile

Makefile 是项目的构建文件，定义了项目的编译和安装过程。

使用方法

make -C src
sudo make -C src install

该命令将编译并安装 eflomal 项目的 C 二进制文件。可以通过修改 INSTALLDIR 参数来指定安装路径。

make -C src -e INSTALLDIR=~/bin install

该命令将把 eflomal 安装到用户指定的目录（例如 ~/bin）。

eflomalEfficient Low-Memory Aligner项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ef/eflomal