图神经网络映射在功能性磁共振成像分析中的PyTorch实现教程

图神经网络映射在功能性磁共振成像分析中的PyTorch实现教程

graph-neural-mapping PyTorch implementation of the paper Understanding Graph Isomorphism Network for rs-fMRI Functional Connectivity Analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gr/graph-neural-mapping

本教程旨在指导您了解并使用位于https://github.com/egyptdj/graph-neural-mapping.git的开源项目。该项目是“理解用于rs-fMRI功能连接性分析的图同构网络”论文的PyTorch实现，探索了基于图同构网络（GIN）的脑功能连接性分析方法。

1. 目录结构及介绍

项目采用清晰的目录结构以方便开发者快速定位关键组件：

graph-neural-mapping/
├── evaluate/                 # 模型评估脚本存放处
│   └── ...
├── models/                  # 包含模型定义的文件夹
│   ├── gnn_model.py        # GIN模型的具体实现
│   └── ...
├── .gitignore               # Git忽略文件配置
├── LICENSE                  # 许可证文件，遵循GPL-3.0
├── README.md                # 项目说明文档
├── dataset.py               # 数据处理相关代码
├── main.py                  # 应用或训练主程序入口
├── util.py                  # 辅助函数集合
└── ...                      # 可能包括其他依赖文件或额外模块

2. 项目的启动文件介绍

main.py

这是项目的核心脚本，通常包含了模型的初始化、数据加载、训练循环和可能的测试流程。在开始使用项目之前，应当从这个文件入手。它会引用定义好的模型(models/gnn_model.py)、数据加载器和其他必要工具，通过调整此文件中的参数和配置，您可以开始实验或训练您的模型。

3. 项目的配置文件介绍

尽管提供的目录结构示例中并未直接指出一个特定的配置文件如.yaml或.json，但在实际开发过程中，这类项目常会通过修改main.py或其他启动脚本来设定配置。这意味着配置项可能是内联于Python脚本中的变量或参数。为了保持项目灵活性，您应寻找可以自定义的参数区域，比如学习率、批次大小、模型超参数等，并根据您的实验需求进行调整。

如果您希望实现更专业的配置管理，建议创建一个专门的配置文件来存储这些设置，这样可以使得实验复现变得更加容易且便于团队合作。

示例配置修改（伪代码）

# 假设在main.py中有以下配置部分
config = {
    'learning_rate': 0.001,
    'batch_size': 32,
    'epochs': 100,
    # 更多可能的配置...
}

# 根据需要修改配置
config['learning_rate'] = 0.0001

对于复杂的项目，推荐做法是将这样的配置移入外部文件，例如config.yaml，然后在main.py中读取该配置。

请注意，具体配置的详细内容需参考实际仓库中的最新指示或查阅其更新日志、Readme文件以及贡献指南，以确保正确和高效地使用项目。

graph-neural-mapping PyTorch implementation of the paper Understanding Graph Isomorphism Network for rs-fMRI Functional Connectivity Analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gr/graph-neural-mapping