RSEM 开源项目教程
项目介绍
RSEM(RNA-Seq by Expectation-Maximization)是一个用于从RNA-Seq数据中准确量化基因和转录本表达的开源工具。RSEM能够处理读取映射的不确定性,并提供基因和转录本的表达量估计。该项目由Bo Li和Colin Dewey设计,并由Bo Li实现。RSEM遵循GNU General Public License v3许可证。
项目快速启动
安装RSEM
首先,克隆RSEM的GitHub仓库:
git clone https://github.com/deweylab/RSEM.git
cd RSEM
make
准备参考基因组
使用RSEM准备参考基因组:
rsem-prepare-reference --gtf <GTF_FILE> <FASTA_FILE> <REFERENCE_NAME>
运行RSEM
使用以下命令运行RSEM:
rsem-calculate-expression --paired-end <READ1_FILE> <READ2_FILE> <REFERENCE_NAME> <OUTPUT_PREFIX>
应用案例和最佳实践
案例1:基因表达量估计
假设你有一对RNA-Seq数据文件(read1.fq和read2.fq),并且已经准备好了参考基因组(ref),你可以使用RSEM来估计基因表达量:
rsem-calculate-expression --paired-end read1.fq read2.fq ref output
最佳实践
- 选择合适的参考基因组:确保使用的参考基因组与你的实验数据匹配。
- 优化参数:根据具体需求调整RSEM的参数,例如
--fragment-length-mean
和--fragment-length-sd
。 - 质量控制:在运行RSEM之前,对原始数据进行质量控制,确保数据质量。
典型生态项目
SAMtools
RSEM包含一个SAMtools的副本,用于处理BAM文件。SAMtools是一个用于处理和分析高通量测序数据的工具集。
STAR aligner
RSEM支持与STAR aligner集成,STAR是一个高效的RNA-Seq数据映射工具。
HISAT2
RSEM也支持HISAT2,这是一个快速且内存高效的序列映射工具,特别适用于RNA-Seq数据。
通过这些工具的集成,RSEM能够提供一个全面的RNA-Seq数据分析解决方案。