RSEM 开源项目教程

RSEM 开源项目教程

RSEMRSEM: accurate quantification of gene and isoform expression from RNA-Seq data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rs/RSEM

项目介绍

RSEM（RNA-Seq by Expectation-Maximization）是一个用于从RNA-Seq数据中准确量化基因和转录本表达的开源工具。RSEM能够处理读取映射的不确定性，并提供基因和转录本的表达量估计。该项目由Bo Li和Colin Dewey设计，并由Bo Li实现。RSEM遵循GNU General Public License v3许可证。

项目快速启动

安装RSEM

首先，克隆RSEM的GitHub仓库：

git clone https://github.com/deweylab/RSEM.git
cd RSEM
make

准备参考基因组

使用RSEM准备参考基因组：

rsem-prepare-reference --gtf <GTF_FILE> <FASTA_FILE> <REFERENCE_NAME>

运行RSEM

使用以下命令运行RSEM：

rsem-calculate-expression --paired-end <READ1_FILE> <READ2_FILE> <REFERENCE_NAME> <OUTPUT_PREFIX>

应用案例和最佳实践

案例1：基因表达量估计

假设你有一对RNA-Seq数据文件（read1.fq和read2.fq），并且已经准备好了参考基因组（ref），你可以使用RSEM来估计基因表达量：

rsem-calculate-expression --paired-end read1.fq read2.fq ref output

最佳实践

1. 选择合适的参考基因组：确保使用的参考基因组与你的实验数据匹配。
2. 优化参数：根据具体需求调整RSEM的参数，例如 --fragment-length-mean 和 --fragment-length-sd。
3. 质量控制：在运行RSEM之前，对原始数据进行质量控制，确保数据质量。

典型生态项目

SAMtools

RSEM包含一个SAMtools的副本，用于处理BAM文件。SAMtools是一个用于处理和分析高通量测序数据的工具集。

STAR aligner

RSEM支持与STAR aligner集成，STAR是一个高效的RNA-Seq数据映射工具。

HISAT2

RSEM也支持HISAT2，这是一个快速且内存高效的序列映射工具，特别适用于RNA-Seq数据。

通过这些工具的集成，RSEM能够提供一个全面的RNA-Seq数据分析解决方案。

RSEMRSEM: accurate quantification of gene and isoform expression from RNA-Seq data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rs/RSEM