rsem1.3.3 rsem-prepare-reference limitGenomeGenerateRAM

rsem-prepare-reference --star

错误：

EXITING because of FATAL PARAMETER ERROR: limitGenomeGenerateRAM=31000000000is too small for your genome

SOLUTION: please specify --limitGenomeGenerateRAM not less than 168632691637 and make that much RAM available

原因：

这是由于star 所需内存不够，只需为他提供大于168632691637的内存，但rsem-prepare-reference没有提供内存设置参数。

解决办法：

修改源码，rsem-prepare-reference也是使用star来生成结果：

1.找到rsem的安装位置，默认安装在/usr/local/bin。

2.修改安装位置下的rsem-prepare-reference文件

3.在187-194行中的任意一行添加一下代码（提示：limitGenomeGenerateRAM的值根据报错信息需要不错误信息的值大）：

" --limitGenomeGenerateRAM 170000000000 " .

参考连接：

https://groups.google.com/g/rsem-users/c/CsS4KCYKseg

GitHub - deweylab/RSEM: RSEM: accurate quantification of gene and isoform expression from RNA-Seq data