Foyer 开源项目教程

Foyer 开源项目教程

foyerA package for atom-typing as well as applying and disseminating forcefields项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fo/foyer

1. 项目的目录结构及介绍

Foyer 项目的目录结构如下：

foyer/
├── foyer/
│   ├── __init__.py
│   ├── forcefield.py
│   ├── forcefield_utils.py
│   ├── topology.py
│   └── ...
├── examples/
│   ├── example1.py
│   ├── example2.py
│   └── ...
├── tests/
│   ├── test_forcefield.py
│   ├── test_topology.py
│   └── ...
├── docs/
│   ├── conf.py
│   ├── index.rst
│   └── ...
├── setup.py
├── README.md
└── requirements.txt

目录结构介绍

• foyer/: 核心代码目录，包含项目的核心模块和功能实现。

  • __init__.py: 初始化文件，用于导入模块。
  • forcefield.py: 定义力场相关的类和方法。
  • forcefield_utils.py: 提供力场相关的工具函数。
  • topology.py: 定义拓扑结构相关的类和方法。
  • 其他文件：包含项目的其他核心功能模块。

• examples/: 示例代码目录，包含使用 Foyer 的示例脚本。

  • example1.py: 示例1，展示如何使用 Foyer 进行力场定义。
  • example2.py: 示例2，展示如何使用 Foyer 进行拓扑结构定义。
  • 其他文件：包含更多的示例脚本。

• tests/: 测试代码目录，包含项目的单元测试和集成测试。

  • test_forcefield.py: 测试力场相关的功能。
  • test_topology.py: 测试拓扑结构相关的功能。
  • 其他文件：包含更多的测试脚本。

• docs/: 文档目录，包含项目的文档配置和内容。

  • conf.py: Sphinx 文档配置文件。
  • index.rst: 文档主页内容。
  • 其他文件：包含更多的文档内容。

• setup.py: 项目的安装配置文件，用于安装项目依赖和打包项目。

• README.md: 项目介绍文件，包含项目的概述、安装方法和使用说明。

• requirements.txt: 项目依赖文件，列出项目所需的 Python 包。

2. 项目的启动文件介绍

Foyer 项目的启动文件是 foyer/__init__.py。该文件主要用于导入项目的核心模块，并初始化项目的基本配置。

启动文件内容

# foyer/__init__.py

from .forcefield import Forcefield
from .topology import Topology
from .forcefield_utils import load_forcefield

__version__ = "0.10.0"

启动文件介绍

• from .forcefield import Forcefield: 导入力场相关的类。
• from .topology import Topology: 导入拓扑结构相关的类。
• from .forcefield_utils import load_forcefield: 导入力场加载相关的工具函数。
• __version__ = "0.10.0": 定义项目的版本号。

3. 项目的配置文件介绍

Foyer 项目的配置文件主要包括 setup.py 和 requirements.txt。

setup.py

setup.py 是项目的安装配置文件，用于安装项目依赖和打包项目。

# setup.py

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name="foyer",
    version="0.10.0",
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        "numpy>=1.14",
        "parmed>=3.0.0",
        "networkx>=2.0",
        "openmm>=7.4.0",
    ],
    entry_points={
        "console_scripts": [
            "foyer=foyer.cli:main",
        ],
    },
)

requirements.txt

requirements.txt 是项目依赖文件，列出项目所需的 Python 包。

numpy>=1.14
parmed>=3.0.0
networkx>=2.0
openmm>=7.4.0

配置文件介绍

• setup.py:

  • name="foyer": 定义项目的名称。
  • version="0.10.0": 定义项目的版本号。
  • packages=find_packages(): 自动查找并包含所有包。
  • install_requires: 列出项目所需的依赖包及其版本要求。
  • entry_points: 定义命令行脚本的入口点。

• requirements.txt:

  • 列出项目所需的依赖包及其版本要求，方便用户安装依赖。

通过以上配置文件，用户可以方便地安装项目依赖并启动项目。

foyerA package for atom-typing as well as applying and disseminating forcefields项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fo/foyer