GNN_for_EHR 项目使用教程

GNN_for_EHR 项目使用教程

GNN_for_EHR Code for "Graph Neural Network on Electronic Health Records for Predicting Alzheimer’s Disease" 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gn/GNN_for_EHR

1. 项目目录结构及介绍

GNN_for_EHR/
├── data/
│   ├── preprocess_eicu.py
│   ├── preprocess_mimic.py
│   └── ...
├── model/
│   ├── model.py
│   └── ...
├── README.md
├── requirements.txt
├── train.py
└── utils/
    ├── utils.py
    └── ...

目录结构介绍

• data/: 包含数据预处理的脚本，如 preprocess_eicu.py 和 preprocess_mimic.py，用于处理不同数据集的预处理工作。
• model/: 包含项目的核心模型文件 model.py，定义了图神经网络的结构和相关操作。
• README.md: 项目的介绍文档，包含项目的基本信息、使用方法和依赖项等。
• requirements.txt: 列出了项目所需的Python依赖包及其版本。
• train.py: 项目的启动文件，用于训练模型。
• utils/: 包含一些辅助函数和工具脚本，如 utils.py。

2. 项目的启动文件介绍

train.py

train.py 是项目的启动文件，用于训练图神经网络模型。以下是该文件的主要功能和使用方法：

# train.py
import argparse
import torch
from model.model import VariationalGNN
from utils.utils import load_data, train_model

def main():
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Train GNN for EHR')
    parser.add_argument('--data_path', type=str, required=True, help='Path to the dataset')
    parser.add_argument('--embedding_size', type=int, default=512, help='Embedding size')
    parser.add_argument('--result_path', type=str, required=True, help='Path to save the model')
    args = parser.parse_args()

    # 加载数据
    data = load_data(args.data_path)

    # 初始化模型
    model = VariationalGNN(in_features=data.num_features, out_features=128, num_of_nodes=data.num_nodes, n_heads=8, n_layers=2, dropout=0.5, alpha=0.2)

    # 训练模型
    train_model(model, data, args.result_path)

if __name__ == '__main__':
    main()

使用方法

1. 安装依赖: 首先确保安装了所有依赖包，可以通过以下命令安装：

   pip install -r requirements.txt
   

2. 运行训练脚本: 使用以下命令启动训练：

   python train.py --data_path /path/to/dataset --result_path /path/to/save/model
   

3. 项目的配置文件介绍

requirements.txt

requirements.txt 文件列出了项目运行所需的Python依赖包及其版本。以下是一个示例：

torch==1.9.0
numpy==1.21.2
scikit-learn==0.24.2
...

使用方法

在项目根目录下运行以下命令，安装所有依赖包：

pip install -r requirements.txt

自定义配置

如果需要自定义配置，可以在 train.py 中修改参数，如 embedding_size、n_heads 等，以适应不同的训练需求。

---

通过以上步骤，您可以顺利启动并训练 GNN_for_EHR 项目。如果有任何问题，请参考项目的 README.md 文件或联系项目维护者。

GNN_for_EHR Code for "Graph Neural Network on Electronic Health Records for Predicting Alzheimer’s Disease" 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gn/GNN_for_EHR