Patch-GCN 开源项目教程

Patch-GCN 开源项目教程

Patch-GCNContext-Aware Survival Prediction using Patch-based Graph Convolutional Networks - MICCAI 2021项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/Patch-GCN

项目介绍

Patch-GCN 是一个用于上下文感知生存预测的补丁级图卷积网络，由 mahmoodlab 开发并在 MICCAI 2021 上展示。该项目通过层次化聚合实例级组织学特征，模拟肿瘤微环境中的局部和全局拓扑结构。Patch-GCN 在 4,370 个千兆像素的完整切片图像（WSIs）上进行了验证，涵盖五种不同的癌症类型，并证明其性能优于所有先前的弱监督方法。

项目快速启动

环境设置

首先，克隆项目仓库并安装必要的依赖项：

git clone https://github.com/mahmoodlab/Patch-GCN.git
cd Patch-GCN
pip install -r requirements.txt

数据准备

下载所需的数据集并将其放置在 data/TCGA 目录下。

模型训练

使用以下命令启动模型训练：

python main.py --config config/default.yaml

模型评估

训练完成后，可以使用以下命令进行模型评估：

python evaluate.py --model_path path/to/your/model

应用案例和最佳实践

案例一：乳腺癌生存预测

在乳腺癌数据集上应用 Patch-GCN，通过分析组织学特征和肿瘤微环境，预测患者的生存率。具体步骤包括数据预处理、模型训练和结果分析。

最佳实践

• 数据预处理：确保数据集的质量和一致性，进行必要的图像增强和归一化处理。
• 超参数调优：通过交叉验证和网格搜索优化模型性能。
• 模型解释：使用可视化工具解释模型决策过程，提高模型的可解释性。

典型生态项目

相关项目一：Torch Geometric

Torch Geometric 是一个基于 PyTorch 的几何深度学习扩展库，支持图卷积网络和其他图神经网络的实现。Patch-GCN 使用了 Torch Geometric 进行图结构的处理和消息传递。

相关项目二：TCGA 数据集

TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据集是一个广泛使用的癌症基因组学数据库，提供了大量的癌症相关数据，包括组织学图像和临床信息。Patch-GCN 利用 TCGA 数据集进行模型训练和验证。

通过结合这些生态项目，Patch-GCN 能够更好地理解和预测癌症患者的生存情况，为癌症研究和临床决策提供支持。

Patch-GCNContext-Aware Survival Prediction using Patch-based Graph Convolutional Networks - MICCAI 2021项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/Patch-GCN