Patch-GCN 开源项目教程
项目介绍
Patch-GCN 是一个用于上下文感知生存预测的补丁级图卷积网络,由 mahmoodlab 开发并在 MICCAI 2021 上展示。该项目通过层次化聚合实例级组织学特征,模拟肿瘤微环境中的局部和全局拓扑结构。Patch-GCN 在 4,370 个千兆像素的完整切片图像(WSIs)上进行了验证,涵盖五种不同的癌症类型,并证明其性能优于所有先前的弱监督方法。
项目快速启动
环境设置
首先,克隆项目仓库并安装必要的依赖项:
git clone https://github.com/mahmoodlab/Patch-GCN.git
cd Patch-GCN
pip install -r requirements.txt
数据准备
下载所需的数据集并将其放置在 data/TCGA
目录下。
模型训练
使用以下命令启动模型训练:
python main.py --config config/default.yaml
模型评估
训练完成后,可以使用以下命令进行模型评估:
python evaluate.py --model_path path/to/your/model
应用案例和最佳实践
案例一:乳腺癌生存预测
在乳腺癌数据集上应用 Patch-GCN,通过分析组织学特征和肿瘤微环境,预测患者的生存率。具体步骤包括数据预处理、模型训练和结果分析。
最佳实践
- 数据预处理:确保数据集的质量和一致性,进行必要的图像增强和归一化处理。
- 超参数调优:通过交叉验证和网格搜索优化模型性能。
- 模型解释:使用可视化工具解释模型决策过程,提高模型的可解释性。
典型生态项目
相关项目一:Torch Geometric
Torch Geometric 是一个基于 PyTorch 的几何深度学习扩展库,支持图卷积网络和其他图神经网络的实现。Patch-GCN 使用了 Torch Geometric 进行图结构的处理和消息传递。
相关项目二:TCGA 数据集
TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据集是一个广泛使用的癌症基因组学数据库,提供了大量的癌症相关数据,包括组织学图像和临床信息。Patch-GCN 利用 TCGA 数据集进行模型训练和验证。
通过结合这些生态项目,Patch-GCN 能够更好地理解和预测癌症患者的生存情况,为癌症研究和临床决策提供支持。