SpatialData 开源项目教程

SpatialData 开源项目教程

spatialdataAn open and universal framework for processing spatial omics data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sp/spatialdata

1. 项目的目录结构及介绍

SpatialData 项目的目录结构如下：

spatialdata/
├── docs/
├── examples/
├── spatialdata/
│   ├── __init__.py
│   ├── core/
│   ├── io/
│   ├── plotting/
│   ├── processing/
│   ├── utils/
│   └── ...
├── tests/
├── .gitignore
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
└── setup.py

目录结构介绍

• docs/: 包含项目的文档文件。
• examples/: 包含示例代码和教程。
• spatialdata/: 项目的主要代码目录，包含核心功能、输入输出、绘图、处理和工具等模块。
• tests/: 包含项目的测试代码。
• .gitignore: Git 忽略文件列表。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• LICENSE: 项目许可证。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• setup.py: 项目安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

SpatialData 项目的启动文件主要是 spatialdata/__init__.py。这个文件负责初始化项目并导入必要的模块和功能。

# spatialdata/__init__.py

from .core import *
from .io import *
from .plotting import *
from .processing import *
from .utils import *

__version__ = "0.1.0"

启动文件介绍

• __init__.py: 初始化文件，导入核心模块、输入输出模块、绘图模块、处理模块和工具模块。
• __version__: 项目版本号。

3. 项目的配置文件介绍

SpatialData 项目的配置文件主要是 setup.py 和 pyproject.toml（如果有的话）。这些文件负责项目的安装和构建配置。

setup.py 介绍

# setup.py

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name="spatialdata",
    version="0.1.0",
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        # 依赖列表
    ],
    author="scverse",
    author_email="contact@scverse.org",
    description="An open and universal data framework for spatial omics",
    long_description=open("README.md").read(),
    long_description_content_type="text/markdown",
    url="https://github.com/scverse/spatialdata",
    classifiers=[
        "Programming Language :: Python :: 3",
        "License :: OSI Approved :: MIT License",
        "Operating System :: OS Independent",
    ],
    python_requires='>=3.6',
)

配置文件介绍

• setup.py: 安装脚本，定义项目名称、版本、包列表、依赖、作者、描述等信息。
• pyproject.toml: （如果有）定义项目的构建系统和依赖。

以上是 SpatialData 开源项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这份教程能帮助你更好地理解和使用 SpatialData 项目。

spatialdataAn open and universal framework for processing spatial omics data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sp/spatialdata