VISION：单细胞RNA测序数据的功能解读利器

VISION：单细胞RNA测序数据的功能解读利器

VISION Signature Analysis and Visualization for Single-Cell RNA-seq 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/visio/VISION

项目介绍

VISION 是一个专为单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据设计的开源工具，旨在通过选择描述细胞间协同变化的基因标记来帮助解读数据。VISION 不仅能够处理表达矩阵和签名库（可从在线数据库获取），还能与现有的scRNA-seq分析流程无缝集成，利用预计算的降维、轨迹推断或聚类结果。分析结果通过一个动态的Web应用展示，方便与合作者共享，无需他们安装任何额外软件。

项目技术分析

VISION 的核心技术包括：

1. 微池计算：对于大型数据集，VISION 通过将相似细胞分组来降低分析复杂性。
2. 主成分分析（PCA）：如果没有指定潜在空间，VISION 会执行PCA并保留前30个主成分。
3. KNN图构建：从潜在空间构建细胞-细胞相似性图。
4. 签名评分计算：使用表达矩阵计算签名评分。
5. Geary-C统计：计算签名在细胞-细胞相似性图上的局部“一致性”。
6. 交互式报告生成：生成一个交互式的Web报告，便于数据探索和解读。

项目及技术应用场景

VISION 适用于以下场景：

• 生物医学研究：帮助研究人员快速解读单细胞RNA测序数据，发现细胞间的协同变化。
• 数据分析流程集成：作为现有scRNA-seq分析流程的一部分，提供更深入的数据解读。
• 合作研究：通过生成的Web报告，方便与合作者共享分析结果，促进跨学科合作。

项目特点

VISION 具有以下显著特点：

1. 高效处理大型数据集：通过微池计算和PCA降维，有效处理大规模单细胞数据。
2. 灵活集成：能够与现有的scRNA-seq分析流程无缝集成，充分利用预计算结果。
3. 交互式报告：生成的Web报告具有高度的交互性，便于数据探索和解读。
4. 易于共享：报告无需额外软件即可查看，方便与合作者共享。

安装与使用

VISION 推荐通过GitHub使用devtools进行安装：

library(devtools)
install_github("YosefLab/VISION")

详细安装步骤和依赖项请参考VISION文档。

示例输出

• 实时输出示例：使用CITE-seq协议测序的约9,000个CBMC
• 输出报告用户界面指南(PDF)

VISION 是一个功能强大且易于使用的工具，无论你是生物医学研究人员还是数据分析师，都能从中受益。立即尝试 VISION，开启你的单细胞RNA测序数据解读之旅！

VISION Signature Analysis and Visualization for Single-Cell RNA-seq 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/visio/VISION