Colvars 项目使用教程

最新推荐文章于 2024-11-06 06:02:49 发布

陆蜜彬

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Colvars 项目使用教程

colvars Collective variables module for molecular simulation and analysis programs 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/colvars

1. 项目介绍

Colvars（Collective Variables）是一个用于分子模拟和分析程序的集体变量库。它提供了一个高性能的实现，用于在连续可微函数的简化空间（即集体变量）上定义采样算法。Colvars 最初于2008年作为NAMD版本2.7b1的标准发行版的一部分发布，后来也被集成到LAMMPS、VMD、GROMACS和Tinker-HP等软件中。在VMD中，可以通过命令行和Dashboard图形用户界面进行交互式使用。

Colvars 提供了多种功能和算法，包括基于热力学力的自由能估计器、非平衡工作和概率分布等。

2. 项目快速启动

2.1 获取 Colvars

获取预编译版本的 Colvars 最简单的方法是通过以下软件包之一：

GROMACS
LAMMPS
NAMD
Tinker-HP
VMD

请检查每个代码的稳定版本，以查看包含的 Colvars 版本。

2.2 安装与配置

2.2.1 通过 GROMACS 使用 Colvars

在 GROMACS 2024 及更高版本中，可以通过以下方式启用 Colvars：

colvars-active = yes
colvars-configfile = my_config.colvars

2.2.2 通过 LAMMPS 使用 Colvars

在 LAMMPS 中，可以通过以下方式启用 Colvars：

fix Colvars all colvars configfile my_config.colvars

2.2.3 通过 NAMD 使用 Colvars

在 NAMD 中，可以通过以下方式启用 Colvars：

colvars on
cv configfile my_config.colvars

2.2.4 通过 VMD 使用 Colvars

在 VMD 中，可以通过以下方式启用 Colvars：

cv molid top
cv configfile my_config.colvars

2.3 配置文件示例

以下是一个简单的 Colvars 配置文件示例：

colvar {
    name d
    width 0.2
    distance {
        group1 { atomNumbers 1 2 3 }
        group2 { atomNumbers 4 5 6 }
    }
}

harmonic {
    colvars d
    centers 5.0
    forceConstant 10.0
}