Foldseek 项目使用教程

Foldseek 项目使用教程

foldseekFoldseek enables fast and sensitive comparisons of large structure sets.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fo/foldseek

1. 项目的目录结构及介绍

Foldseek 项目的目录结构如下：

foldseek/
├── bin/
│   ├── foldseek
│   └── ...
├── example/
│   ├── queryDB/
│   ├── targetDB/
│   └── ...
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── reformat.pl
│   └── ...
└── ...

目录结构介绍：

• bin/：包含 Foldseek 的可执行文件。
• example/：包含示例数据库和查询文件。
• docs/：包含项目的文档文件，如 README.md。
• scripts/：包含辅助脚本，如 reformat.pl。

2. 项目的启动文件介绍

Foldseek 的启动文件位于 bin/ 目录下，主要文件是 foldseek。

启动文件介绍：

• foldseek：主程序文件，用于执行结构比对和搜索操作。

使用方法：

./bin/foldseek search queryDB targetDB aln tmpFolder -a

3. 项目的配置文件介绍

Foldseek 的配置文件通常不直接提供，但可以通过命令行参数进行配置。

配置参数介绍：

• --prefilter-mode 1：设置预过滤模式。
• --sort-by-structure-bits 0：禁用结构比特排序。

示例配置：

./bin/foldseek search queryDB targetDB aln tmpFolder --prefilter-mode 1 --sort-by-structure-bits 0

以上是 Foldseek 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助！

foldseekFoldseek enables fast and sensitive comparisons of large structure sets.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fo/foldseek