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原创 《2022 Artificial Intelligence in Drug Design》 笔记--第二章:机器学习在药学和ADMET终点建模中的应用
近年来,定量构效关系(QSAR)这一广为人知的概念引起了人们极大的兴趣。数据、描述符和算法是构建有用的模型的主要支柱,这些模型支持使用计算机方法进行更有效的药物发现过程。这三个领域的重大进展是人们对这些模型重新产生兴趣的原因。在这本书的章节中,我们回顾了各种机器学习(ML)方法,这些方法利用了许多化合物的体外/体内测量数据。我们将这些与其他数字药物发现方法联系起来,并给出了一些应用实例。近年来,定量结构-活性关系(QSAR)[141]这一古老的概念引起了人们的极大兴趣。
2023-08-24 10:24:47 956
原创 《2022 Artificial Intelligence in Drug Design》 笔记--第一章:人工智能在药物设计中的应用:机遇与挑战
药物设计的过程是一个漫长,复杂和昂贵的过程,但近年来AL/ML/DL爆炸性的发展,极大程度上促进了药物设计的发展,有望改变设计-制造-测试-分析的(DMTA)周期,加快药物设计的过程,降低成本。本书旨在提供药物设计中AL/ML/DL方法的发展和应用的最新技术的概述.主题还包括:1.如何应对这些新技术方法加速和革新传统的药物设计方法,如admet、药物动力学、药物靶标停留时间等。2.这些新方法的应用范围以及它们在哪些方面最大限度地影响当前以及未来的生产率。
2023-08-24 10:24:19 1144
原创 服务器跑深度学习常用方法总结
只需改后面三行代码就行,前面可以直接套用,具体每个代码什么意思就不赘述了。优点:会把每次输出生成一个.out文件方便后期结果查阅保存。缺点:输出没有保存到文件里,如果输出很多不易查看。缺点:不够简介,需要写.slurm文件。以上就是常用的两种操作。2.采用终端指令运行。
2023-08-22 10:35:57 593 1
原创 《PyTorch深度学习实践》刘二大人课程5用pytorch实现线性传播学习笔记
这里简单记录下两个pytorch里的小知识点,其中参数*args代表把前面n个参数变成n元组,**kwargsd会把参数变成一个词典。torch.nn.Linear()是一个类,三个参数,第一个为输入的样本特征,输出的样本特征,同时还有个偏置项,看是否加入偏置。定义模型类,先初始化函数导入需要的线性模型,然后调用预测y值。记住梯度清零然后反向传播,然后梯度更新。定义损失函数和优化器。
2023-04-14 15:49:33 172
原创 python机器学习实战|机器学习入门笔记1-机器学习流程+matplotlib简单应用
python机器学习实战|机器学习入门笔记1-机器学习流程+matplotlib简单应用
2022-07-25 12:42:21 1007
原创 Windows下配置带有GPU深度学习环境 pycharm+anaconda+pytorch+GPU(不单独安装cuda和cudnn)
此教程不单独安装cuda和cudnn,如果GPU是NVIDIA 的可以直接安装pytorch包里面自动安装好cuda即可,安装好此教程可以在pycharm中跑数据进行深度学习相关工作,但是此教程只针对电脑含有NVIDIA英伟达GPU的。...
2022-07-22 19:38:50 3497 10
空空如也
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