FlowKit：流式细胞术分析的强大工具

FlowKit：流式细胞术分析的强大工具

FlowKitA Python toolkit for flow cytometry analysis supporting GatingML and FlowJo workspaces项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/flo/FlowKit

项目介绍

FlowKit 是一个用于流式细胞术分析和可视化的 Python 工具包，全面支持 GatingML 2.0 标准，并有限支持 FlowJo 10 工作区文件。FlowKit 提供了从数据读取、补偿、转换、门控到可视化的全套功能，是流式细胞术研究的得力助手。

项目技术分析

FlowKit 的核心功能包括：

• 数据读取与导出：支持 FCS 文件版本 2.0、3.0 和 3.1，能够将数据导出为新的 FCS 文件、NumPy 数组、Pandas DataFrame 或 CSV 文本文件。
• 补偿：支持多种方式的补偿，包括 $SPILL 或 $SPILLOVER 关键字值、FlowJo 制表符分隔文本、NumPy 数组和 GatingML 2.0 spectrumMatrix XML 元素。
• 转换：提供多种转换方法，如 Logicle、反双曲正弦（ArcSinh）、FlowJo 双指数、Hyperlog、对数、通道比率和线性转换。
• 门控：全面支持 GatingML 2.0 规范，能够导入 GatingML XML 文档作为门控策略，并导出为有效的 GatingML XML 文档。同时支持 FlowJo 10 工作区文件的导入。
• 可视化：提供丰富的可视化工具，包括单通道数据的直方图、双通道的轮廓密度图、交互式散点图和散点图矩阵。

项目及技术应用场景

FlowKit 适用于多种流式细胞术分析场景，包括但不限于：

• 科研实验室：用于自动化和手动流式细胞术分析流程。
• 临床研究：辅助医生和研究人员进行疾病标志物的识别和分析。
• 生物技术公司：用于产品开发和质量控制。

项目特点

FlowKit 的主要特点包括：

• 全面支持 GatingML 2.0：确保与其他流式细胞术软件的兼容性和互操作性。
• 丰富的数据处理功能：从数据读取到可视化，提供一站式解决方案。
• 高度可扩展：支持 Python 3.8 至 3.12，所有依赖项均可通过 pip 安装。
• 活跃的社区支持：鼓励用户贡献代码和反馈问题，共同推动项目发展。

FlowKit 不仅是一个功能强大的工具，更是一个活跃的开源社区，欢迎广大科研人员和技术爱好者加入，共同推动流式细胞术分析技术的发展。

FlowKitA Python toolkit for flow cytometry analysis supporting GatingML and FlowJo workspaces项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/flo/FlowKit