PyEMMA 开源项目安装与使用指南

PyEMMA 开源项目安装与使用指南

PyEMMA🚂 Python API for Emma's Markov Model Algorithms 🚂项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/PyEMMA

1. 目录结构及介绍

PyEMMA 是一个用于分子动力学模拟数据分析的高级Python包，它包含了处理和分析算法，如马尔可夫状态模型（MSMs）、隐藏马尔可夫模型（HMMs）等。以下为其典型项目目录结构概述：

PyEMMA/
├── AUTHORS                 # 作者列表
├── LICENSE.txt             # 许可证文件，遵循LGPL-3.0协议
├── MANIFEST.in             # 构建时需要包含的额外文件清单
├── README.rst              # 项目简介和快速入门指南
├── azure-pipelines.yml     # CI/CD配置文件
├── conftest.py             # PyTest配置
├── gitattributes           # Git属性配置文件
├── gitignore               # 忽略的文件或目录列表
├── gitmodules              # 子模块配置
├── install_miniconda+pyemma.sh  # 安装脚本，帮助下载并安装所需的环境
├── pyproject.toml          # 项目元数据和工具配置
├── setup.cfg               # 配置编译选项和第三方工具设置
├── setup.py                # Python的安装脚本
├── setup_util.py           # 辅助安装函数
├── versioneer.py           # 版本管理工具
└── doc                     # 文档目录，包含了构建文档所需的所有资源
    ├── ...
    └── source               # 文档源码
        ├── INSTALL.rst       # 安装指南
        └── ...

说明:

• doc/source: 包含了项目文档的原始rst文件，比如详细的安装步骤和使用教程。
• AUTHORS, LICENSE.txt: 分别提供了贡献者名单和软件许可证信息。
• setup.py: 项目的核心配置文件，用于打包发布和安装。
• README.rst: 项目概述，包括快速指引和重要链接。

2. 项目的启动文件介绍

在PyEMMA中，并没有传统意义上的单一“启动文件”。用户通常通过导入PyEMMA库到他们的Python脚本或Jupyter Notebook中来开始工作。例如，在你的Python脚本开头使用以下代码开始使用PyEMMA:

import pyemma

接着，你可以调用PyEMMA提供的各种函数和类来分析你的分子动力学数据。

3. 项目的配置文件介绍

PyEMMA本身不强制要求用户创建特定的配置文件来运行。其配置主要依赖于代码内的参数设置，或者通过命令行参数传递给脚本。然而，在进行复杂的分析时，用户可能会选择自定义脚本来组织分析流程，这些脚本可以被视为间接的“配置”方式。

对于构建和开发文档，PyEMMA提供了一个特殊的场景——doc/source/INSTALL.rst文件，该文件主要用于指导用户如何安装项目和依赖项，严格来说这不是应用运行的配置文件，而是开发者和用户的安装指南。

总之，PyEMMA更侧重于通过程序逻辑控制分析过程而非基于外部配置文件的方式。用户需通过Python编程接口直接与库交互来定制化配置分析任务。

PyEMMA🚂 Python API for Emma's Markov Model Algorithms 🚂项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/PyEMMA