PyEMMA 开源项目安装与使用指南
PyEMMA🚂 Python API for Emma's Markov Model Algorithms 🚂项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/PyEMMA
1. 目录结构及介绍
PyEMMA 是一个用于分子动力学模拟数据分析的高级Python包,它包含了处理和分析算法,如马尔可夫状态模型(MSMs)、隐藏马尔可夫模型(HMMs)等。以下为其典型项目目录结构概述:
PyEMMA/
├── AUTHORS # 作者列表
├── LICENSE.txt # 许可证文件,遵循LGPL-3.0协议
├── MANIFEST.in # 构建时需要包含的额外文件清单
├── README.rst # 项目简介和快速入门指南
├── azure-pipelines.yml # CI/CD配置文件
├── conftest.py # PyTest配置
├── gitattributes # Git属性配置文件
├── gitignore # 忽略的文件或目录列表
├── gitmodules # 子模块配置
├── install_miniconda+pyemma.sh # 安装脚本,帮助下载并安装所需的环境
├── pyproject.toml # 项目元数据和工具配置
├── setup.cfg # 配置编译选项和第三方工具设置
├── setup.py # Python的安装脚本
├── setup_util.py # 辅助安装函数
├── versioneer.py # 版本管理工具
└── doc # 文档目录,包含了构建文档所需的所有资源
├── ...
└── source # 文档源码
├── INSTALL.rst # 安装指南
└── ...
说明:
- doc/source: 包含了项目文档的原始rst文件,比如详细的安装步骤和使用教程。
- AUTHORS, LICENSE.txt: 分别提供了贡献者名单和软件许可证信息。
- setup.py: 项目的核心配置文件,用于打包发布和安装。
- README.rst: 项目概述,包括快速指引和重要链接。
2. 项目的启动文件介绍
在PyEMMA中,并没有传统意义上的单一“启动文件”。用户通常通过导入PyEMMA库到他们的Python脚本或Jupyter Notebook中来开始工作。例如,在你的Python脚本开头使用以下代码开始使用PyEMMA:
import pyemma
接着,你可以调用PyEMMA提供的各种函数和类来分析你的分子动力学数据。
3. 项目的配置文件介绍
PyEMMA本身不强制要求用户创建特定的配置文件来运行。其配置主要依赖于代码内的参数设置,或者通过命令行参数传递给脚本。然而,在进行复杂的分析时,用户可能会选择自定义脚本来组织分析流程,这些脚本可以被视为间接的“配置”方式。
对于构建和开发文档,PyEMMA提供了一个特殊的场景——doc/source/INSTALL.rst
文件,该文件主要用于指导用户如何安装项目和依赖项,严格来说这不是应用运行的配置文件,而是开发者和用户的安装指南。
总之,PyEMMA更侧重于通过程序逻辑控制分析过程而非基于外部配置文件的方式。用户需通过Python编程接口直接与库交互来定制化配置分析任务。
PyEMMA🚂 Python API for Emma's Markov Model Algorithms 🚂项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/PyEMMA