Miniprot 项目使用教程

Miniprot 项目使用教程

项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miniprot

1. 项目介绍

Miniprot 是一个用于将蛋白质序列与基因组进行比对的开源工具，支持剪接和移码。它主要用于在新物种中注释蛋白质编码基因，使用已知基因从其他物种进行比对。Miniprot 在功能上类似于 GeneWise 和 Exonerate，但它可以映射蛋白质到整个基因组，并且在残基比对步骤中速度更快。

2. 项目快速启动

2.1 下载和编译

首先，克隆 Miniprot 的 GitHub 仓库并进行编译：

git clone https://github.com/lh3/miniprot.git
cd miniprot
make

2.2 测试文件

编译完成后，可以使用提供的测试文件进行测试：

./miniprot test/DPP3-hs.gen.fa.gz test/DPP3-mm.pep.fa.gz > aln.paf

2.3 生成 GFF3+PAF 输出

使用 --gff 选项生成 GFF3 和 PAF 格式的输出：

./miniprot --gff test/DPP3-hs.gen.fa.gz test/DPP3-mm.pep.fa.gz > aln.gff

2.4 一般命令行

推荐先建立索引，然后再进行比对：

./miniprot -t16 -d genome.mpi genome.fna
./miniprot -Iut16 --gff genome.mpi protein.faa > aln.gff

3. 应用案例和最佳实践

3.1 基因组注释

Miniprot 可以用于在新物种中注释蛋白质编码基因。通过将已知物种的蛋白质序列与新物种的基因组进行比对，可以识别出潜在的基因区域。

3.2 剪接和移码分析

Miniprot 支持剪接和移码的比对，这对于分析基因组中的复杂结构非常有用。通过调整参数，可以提高比对的敏感性，但可能会牺牲一些性能。

4. 典型生态项目

4.1 MetaEuk

MetaEuk 是一个用于宏基因组数据分析的工具，可以与 Miniprot 结合使用，以提高蛋白质序列与基因组的比对精度。

4.2 GeneWise

GeneWise 是另一个用于基因注释的工具，虽然功能上与 Miniprot 类似，但 Miniprot 在速度和整体性能上更具优势。

通过以上步骤，您可以快速上手并使用 Miniprot 进行蛋白质与基因组的比对。

miniprot Align proteins to genomes with splicing and frameshift 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miniprot