rmats2sashimiplot 项目使用教程
rmats2sashimiplot项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rm/rmats2sashimiplot
1. 项目的目录结构及介绍
rmats2sashimiplot 项目的目录结构如下:
rmats2sashimiplot/
├── README.md
├── setup.py
├── src/
│ └── rmats2sashimiplot/
│ ├── __init__.py
│ ├── rmats2sashimiplot.py
│ └── ...
└── ...
README.md
: 项目说明文件,包含项目的基本介绍和使用方法。setup.py
: 项目的安装脚本,用于安装项目所需的依赖和配置。src/rmats2sashimiplot/
: 项目的主要代码目录,包含项目的核心功能实现。__init__.py
: 模块初始化文件。rmats2sashimiplot.py
: 项目的启动文件,包含主要的执行逻辑。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件是 src/rmats2sashimiplot/rmats2sashimiplot.py
。该文件包含了项目的主要执行逻辑,可以通过命令行直接调用。
启动文件的主要功能包括:
- 解析命令行参数。
- 读取和处理输入数据。
- 生成 sashimi plot 图。
使用方法:
python src/rmats2sashimiplot/rmats2sashimiplot.py --s1 <sample1> --s2 <sample2> ...
3. 项目的配置文件介绍
rmats2sashimiplot 项目没有明确的配置文件,所有的配置都是通过命令行参数进行设置的。命令行参数包括样本路径、输出路径等。
常用的命令行参数包括:
--s1
: 第一个样本的 BAM 文件路径。--s2
: 第二个样本的 BAM 文件路径。--o
: 输出路径。
示例:
python src/rmats2sashimiplot/rmats2sashimiplot.py --s1 sample1.bam --s2 sample2.bam --o output_dir
通过这些命令行参数,用户可以灵活地配置和运行项目。
rmats2sashimiplot项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rm/rmats2sashimiplot