ggsashimi 开源项目教程

ggsashimi 开源项目教程

ggsashimiCommand-line tool for the visualization of splicing events across multiple samples项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gg/ggsashimi

1、项目介绍

ggsashimi 是一个用于可视化剪接事件的命令行工具，它能够生成出版级别的 sashimi 图，支持聚合实验显示，这对于在大规模 RNA 测序项目中探索可变剪接至关重要。ggsashimi 是基于 ggplot2 的 R 包开发的，旨在提供一个浏览器和注释独立的剪接可视化工具。

2、项目快速启动

安装

首先，从 GitHub 仓库下载 ggsashimi 脚本：

wget https://raw.githubusercontent.com/guigolab/ggsashimi/master/ggsashimi.py

更改执行权限：

chmod u+x ggsashimi.py

确保所有依赖已安装（见下文），然后可以直接执行脚本：

./ggsashimi.py --help

依赖

为了运行 ggsashimi，需要以下软件组件和包：

• python (2.7 或 3)
• pysam (>=0.10.0)
• R (>=3.3)
• ggplot2 (>=2.2.1)
• data.table (>=1.10.4)
• gridExtra (>=2.2.1)

3、应用案例和最佳实践

ggsashimi 广泛应用于大规模 RNA 测序项目，如 ENCODE 和 GTEx。以下是一个简单的应用案例：

示例命令

./ggsashimi.py -b input.bam -g annotation.gtf -o output.pdf

最佳实践

• 确保输入的 BAM 文件已排序和索引。
• 使用高质量的注释文件（如 GTF 文件）以获得准确的剪接事件可视化。
• 调整参数以适应不同的数据集和研究需求。

4、典型生态项目

ggsashimi 作为 RNA 测序数据可视化的工具，与以下项目紧密相关：

• ENCODE: 提供大规模的基因组功能注释数据。
• GTEx: 研究基因表达在不同组织和疾病状态下的变异。
• Galaxy: 提供 ggsashimi 的 Galaxy 包装器，便于在 Galaxy 平台上使用。

通过这些项目的集成，ggsashimi 能够更好地服务于大规模 RNA 测序数据的可视化和分析。

ggsashimiCommand-line tool for the visualization of splicing events across multiple samples项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gg/ggsashimi