Patch-GCN 项目使用教程

Patch-GCN 项目使用教程

Patch-GCNContext-Aware Survival Prediction using Patch-based Graph Convolutional Networks - MICCAI 2021项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/Patch-GCN

1. 项目的目录结构及介绍

Patch-GCN 项目的目录结构如下：

Patch-GCN/
├── data/
│   └── TCGA/
│       └── BRCA/
├── dataset_csv/
├── datasets/
├── datasets_csv/
├── docs/
├── models/
├── results/
│   └── 5foldcv/
├── splits/
│   └── 5foldcv/
├── utils/
├── Inference Benchmark.ipynb
├── LICENSE
├── WSI-Graph Construction.ipynb
├── main.py
└── README.md

目录结构介绍

• data/: 存储数据集的目录，例如 TCGA 数据集的乳腺癌数据。
• dataset_csv/: 存储数据集的 CSV 文件。
• datasets/: 存储数据集的相关文件。
• datasets_csv/: 存储数据集的 CSV 文件。
• docs/: 存储项目文档。
• models/: 存储训练好的模型文件。
• results/: 存储实验结果，例如 5 折交叉验证的结果。
• splits/: 存储数据集分割文件，例如 5 折交叉验证的分割文件。
• utils/: 存储工具函数和辅助脚本。
• Inference Benchmark.ipynb: 推理基准的 Jupyter Notebook 文件。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• WSI-Graph Construction.ipynb: 全幻灯片图像（WSI）图构建的 Jupyter Notebook 文件。
• main.py: 项目的主启动文件。
• README.md: 项目的说明文档。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 main.py。该文件包含了项目的主要逻辑和启动代码。以下是 main.py 的主要功能：

• 加载配置文件。
• 初始化数据集和数据加载器。
• 构建模型。
• 定义损失函数和优化器。
• 训练模型。
• 评估模型性能。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件通常位于 utils/ 目录下，或者在 main.py 中直接定义。配置文件包含了项目运行所需的各种参数，例如：

• 数据集路径。
• 模型参数。
• 训练参数（如学习率、批次大小等）。
• 评估参数。

配置文件的具体内容和格式可能因项目而异，但通常会包含以下几个部分：

• data_path: 数据集路径。
• model_params: 模型参数。
• train_params: 训练参数。
• eval_params: 评估参数。

请根据项目的具体需求和文档来调整和使用配置文件。

Patch-GCNContext-Aware Survival Prediction using Patch-based Graph Convolutional Networks - MICCAI 2021项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/Patch-GCN