CarveMe 项目使用教程

CarveMe 项目使用教程

carveme CarveMe: genome-scale metabolic model reconstruction 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/carveme

1. 项目的目录结构及介绍

CarveMe 项目的目录结构如下：

carveme/
├── carveme/
│   ├── __init__.py
│   ├── ...
├── docs/
│   ├── ...
├── tests/
│   ├── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── Makefile
├── README.md
├── README.rst
├── elixir.png
├── logo_300px.png
├── setup.cfg
├── setup.py

目录结构介绍：

• carveme/: 项目的主要代码目录，包含了所有 Python 模块和脚本。
• docs/: 项目的文档目录，包含了项目的详细文档和说明。
• tests/: 项目的测试目录，包含了所有测试脚本和测试数据。
• .gitignore: Git 忽略文件，定义了哪些文件和目录不需要被 Git 跟踪。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• MANIFEST.in: 用于定义在打包时需要包含的非 Python 文件。
• Makefile: 用于自动化构建和测试的 Makefile 文件。
• README.md: 项目的 Markdown 格式说明文件。
• README.rst: 项目的 reStructuredText 格式说明文件。
• elixir.png: 项目相关的图片文件。
• logo_300px.png: 项目 Logo 图片文件。
• setup.cfg: 项目的配置文件，用于定义安装和打包的配置。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于安装项目所需的依赖和模块。

2. 项目的启动文件介绍

CarveMe 项目的启动文件主要是 setup.py 和 Makefile。

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于安装项目所需的依赖和模块。通过运行以下命令可以安装 CarveMe：

python setup.py install

Makefile

Makefile 是一个自动化构建和测试的脚本文件。通过运行以下命令可以执行 Makefile 中的任务：

make <任务名>

例如，运行测试任务：

make test

3. 项目的配置文件介绍

CarveMe 项目的配置文件主要包括 setup.cfg 和 setup.py。

setup.cfg

setup.cfg 是一个配置文件，用于定义安装和打包的配置。它包含了项目的元数据、依赖项、安装选项等信息。以下是一个示例：

[metadata]
name = carveme
version = 1.0.0
description = Genome-scale metabolic model reconstruction
author = Daniel Machado
author_email = daniel.machado@example.com
license = MIT

[options]
packages = find:
install_requires =
    numpy
    scipy

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于安装项目所需的依赖和模块。它通常会读取 setup.cfg 中的配置信息，并根据这些信息进行安装。

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='carveme',
    version='1.0.0',
    description='Genome-scale metabolic model reconstruction',
    author='Daniel Machado',
    author_email='daniel.machado@example.com',
    license='MIT',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'numpy',
        'scipy',
    ],
)

通过这些配置文件，用户可以方便地安装和管理 CarveMe 项目。

carveme CarveMe: genome-scale metabolic model reconstruction 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/carveme