carveme 踩坑安装运行成功

carveme 踩坑安装运行成功

CarveMe 是一种基于 python 的工具，用于基因组规模的代谢模型重建[1]。输入为 MAG 蛋白质文件或者基因注释文件，通过 BiGG 数据库构建一个通用代谢模型，然后根据基因组文件转换为特定模型，输出为构建好的GEM，基于基因组的代谢模型。
安装使用参照教程 https://carveme.readthedocs.io/en/latest/index.html#

一、安装

1、首先激活conda，创造虚拟环境，安装python版本3.6以上，取名称GEM。

conda create -n GEM python=3.7

激活环境

conda activate GEM

2、先安装一些依赖环境，根据报错信息发现有一些包需要自行安装