SMETANA 安装使用教程

SMETANA 安装使用教程

Species METabolic interaction ANAlysis (SMETANA) 是一种基于 python 的命令行工具，用于分析微生物群落。它以微生物群落（来自 SBML 格式的基因组规模代谢模型的集合）和几个指标的计算作为输入，这些指标描述了社区成员之间交叉喂养互动的可能性。说明及图片来源

安装使用参见教程 https://smetana.readthedocs.io/en/latest/index.html

安装之前可以参照上一篇关于carveme的文章，构建基于全基因组的代谢网络模型GEM。

一、安装

1、直接安装，python版本3.6

pip install smetana

二、使用

单一社区
要在单个社区上运行 SMETANA，只需以 SBML 格式为其提供单物种模型列表：