StringTie 开源项目使用教程

StringTie 开源项目使用教程

stringtieTranscript assembly and quantification for RNA-Seq项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/st/stringtie

1. 项目的目录结构及介绍

StringTie 项目的目录结构如下：

stringtie/
├── AUTHORS
├── CHANGELOG
├── CMakeLists.txt
├── LICENSE
├── Makefile
├── README.md
├── SECURITY.md
├── VERSION
├── docs/
├── scripts/
├── src/
└── tests/

• AUTHORS: 项目贡献者列表。
• CHANGELOG: 项目更新日志。
• CMakeLists.txt: CMake 构建文件。
• LICENSE: 项目许可证（MIT 许可证）。
• Makefile: 用于构建项目的 Makefile。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• SECURITY.md: 安全相关信息。
• VERSION: 项目版本号。
• docs/: 项目文档目录。
• scripts/: 项目脚本目录。
• src/: 项目源代码目录。
• tests/: 项目测试目录。

2. 项目的启动文件介绍

StringTie 的启动文件是 src/stringtie.cpp，这是项目的主程序文件。通过编译这个文件，可以生成可执行文件 stringtie。

3. 项目的配置文件介绍

StringTie 项目没有传统的配置文件，它的运行参数主要通过命令行选项来设置。以下是一些常用的命令行选项：

• -o <output.gtf>: 指定输出 GTF 文件的路径。
• -G <reference.gtf>: 指定参考基因组的 GTF 文件。
• -p <threads>: 指定使用的线程数。
• -e: 限制只输出与参考基因组匹配的转录本。
• -B: 生成 Ballgown 输入文件。

更多详细的命令行选项和使用方法，可以参考项目的官方文档和 README.md 文件。

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以上是 StringTie 开源项目的基本使用教程，包括项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 StringTie 项目。

stringtieTranscript assembly and quantification for RNA-Seq项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/st/stringtie