QuPath 安装和配置指南

QuPath 安装和配置指南

qupath QuPath - Bioimage analysis & digital pathology 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/qu/qupath

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目基础介绍

QuPath 是一个开源的生物图像分析软件，主要用于数字病理学和生物图像分析。它提供了丰富的工具来注释和查看图像，包括全切片和显微镜图像。QuPath 支持明场和荧光图像分析，并包含用于细胞分割、组织微阵列解码等常见任务的新算法。此外，QuPath 还支持通过脚本进行自定义、批处理和数据查询，并易于与其他工具（如 ImageJ）集成。

主要编程语言

QuPath 主要使用 Java 编程语言开发。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术和框架

• JavaFX: 用于构建用户界面。
• OpenCV: 用于图像处理和计算机视觉任务。
• ImageJ: 用于图像分析和处理。
• Groovy: 用于脚本编写和自定义工作流程。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

1. Java 开发工具包 (JDK): 确保你已经安装了 JDK 11 或更高版本。你可以从 Oracle 或 OpenJDK 下载并安装。
2. Git: 用于克隆项目代码库。你可以从 Git 官网 下载并安装。
3. 集成开发环境 (IDE): 推荐使用 IntelliJ IDEA 或 Eclipse 进行开发。你可以从 JetBrains 或 Eclipse 官网 下载并安装。

详细安装步骤

步骤 1: 克隆项目代码库

打开终端或命令提示符，运行以下命令克隆 QuPath 代码库：

git clone https://github.com/qupath/qupath.git

步骤 2: 导入项目到 IDE

1. 打开 IntelliJ IDEA 或 Eclipse。
2. 选择“导入项目”或“导入现有项目”。
3. 导航到你克隆的 QuPath 项目目录，选择 qupath 文件夹，然后点击“确定”。

步骤 3: 配置项目

1. 在 IDE 中，打开 build.gradle 文件。
2. 确保所有依赖项已正确配置。如果需要，IDE 会自动下载并配置这些依赖项。

步骤 4: 构建项目

1. 在 IDE 中，找到并运行 build 任务。这通常可以在 Gradle 工具窗口中找到。
2. 等待构建完成。如果一切顺利，你将在 build/libs 目录下找到生成的 JAR 文件。

步骤 5: 运行项目

1. 在 IDE 中，找到并运行 run 任务。这通常可以在 Gradle 工具窗口中找到。
2. QuPath 应用程序将启动，你可以开始使用它进行生物图像分析。

配置指南

1. 配置文件: QuPath 的配置文件通常位于项目根目录下的 config 文件夹中。你可以根据需要修改这些配置文件。
2. 脚本编写: QuPath 支持使用 Groovy 编写脚本。你可以在 scripts 目录下创建和编辑脚本文件，以自定义工作流程。

通过以上步骤，你应该能够成功安装和配置 QuPath 项目，并开始使用它进行生物图像分析。

qupath QuPath - Bioimage analysis & digital pathology 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/qu/qupath